Un algoritmo que infiere qué partes de una proteína interactúan para determinar su forma tridimensional es la base para predecir la estructura de una molécula solo a partir de la secuencia de nucleótidos. El método, que emplea el principio de entropía máxima de la física estadística, ha sido empleado exitosamente en proteínas de la familia Ras, según se muestra en un reporte en PLoS ONE.
El secuenciamiento del genoma de once pacientes con cáncer de mama triple negativo, quienes no responden al tratamiento con Herceptin® (trastuzumab), permitió identificar amplificaciones en las vías RAS y MEK/AKT, así como del oncogen BRAF. Ello abre la posibilidad al uso de nuevos medicamentos, como los inhibidores de MEK/AKT, actualmente en ensayos clínicos. Tales hallazgos fueron presentados en el CRTC-AACR San Antonio Breast Cancer Symposium.
Filed under Cáncer, Diagnóstico, Genómica, Medicina personalizada by on . 
La expresión de genes en la retina del ratón ha sido caracterizada por medio de la tecnología de secuenciamiento de próxima generación. Seis genes asociados a enfermedad ocular se ubicaron entre los 20 más altamente expresados mientras que se determinó que las neuronas contienen menos de un tercio de los genes disponibles para sus vesículas sinápticas. Estos y otros resultados son publicados en Genomics.
Filed under Diagnóstico, Genómica by on .
El transcriptoma completo de la cianobacteria Anabaena ha permitido identificar los ARN cuya transcripción se modifica en respuesta a la carencia de nitrógeno. Esta bacteria cumple un papel esencial en la fijación del nitrógeno procedente de la atmósfera y se consideran útiles porque son biofactorías y productoras de biocombustibles en potencia. El hallazgo es publicado en PNAS.
Filed under Genómica, Otros Proyectos Genoma by on .
11 secuencias proteicas de aislamientos en Indonesia del virus influenza A H5N1 fueron empleadas para identificar epítopes T con afinidad para tipos de HLA de esa región, con el uso de los algoritmos NetCTLpan, IEDBann y netMHCann. Para la mayoría no se encontró similitud en humanos que condicionara el riesgo de autoinmunidad inducida por la inmunización. 18 péptidos resultaron los mejores candidatos para una vacuna protectora en ese país y para otros grupos étnicos. Acceda al resumen en Immunome Research.
Filed under Algoritmos, Inmunoinformática, Patógenos by on .
Las bacterias intracelulares Burkholderia son consideradas agentes de potencial uso en bioterrorismo. Por medio de los algoritmos EpiMatrix, ClustiMer y EpiAssembler se procesaron 31 genomas disponibles de especies de Burkholderia y se obtuvieron 2880 secuencias inmunogénicas altamente conservadas, el 82,9% de las cuales se unieron in vitro a al menos tres alelos HLA-II. Se espera que los ensayos en animales conduzcan a una vacuna contra estos patógenos, según los autores de un artículo en Immunome Research.
Filed under Algoritmos, Inmunoinformática, Patógenos by on .
Un método in vitro libre de células basado en un conjunto de proteasas incubadas con HLA DRB1*0101, HLA-DM y antígenos nativos, combinado con espectrometría de masa para la identificación de epítopes T inmunodominantes, fue comparado con el algoritmo EpiMatrix. El método computacional tuvo un rendimiento similar, además de analizar más rápida y económicamente una mayor cantidad de alelos HLA y cubrir, por tanto, una mejor representación de la población humana. El reporte aparece en Immunome Research.
Filed under Algoritmos, Inmunoinformática by on .
A partir del genoma de siete cepas de Helicobacter pylori de todo el mundo, y mediante la aplicación de métodos computacionales, se identificaron péptidos de nueve residuos de extensión (nonámeros) idénticos entre todas las cepas y que ocupan la misma posición en la proteína nativa. Aquellos con mayor afinidad por haplotipos HLA-II de amplia distribución mundial podrían ser candidatos para una vacuna contra la bacteria, de acuerdo con un trabajo en Immunome Research.
Filed under Algoritmos, Inmunoinformática, Patógenos by on .
