Filogenética

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La secuenciación de ADN ambiental en un sitio del norte de Groenlandia ha revelado la existencia en ese lugar, hace dos millones de años de especies vegetales y animales, tanto marinas como terrestres, entre ellas mastodontes, ciervos, roedores y gansos. Los detalles, en Kjær KH, Pedersen MW, De Sanctis B, De Cahsan B, Korneliussen TS, Michelsen CS, et al. A 2-million-year-old ecosystem in Greenland uncovered by environmental DNA. Nature, 2022;612:283–291.

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El análisis de aislamientos, en pacientes cubanos, del genoma del Treponema pallidum subsp. endemicum, agente causal del bejel o sífilis endémica, ha revelado evidencias que sugieren una infección persistente, más que un brote a partir de un caso importado, de acuerdo con Vrbová E, Noda AA, Grillová L, Rodríguez I, Forsyth A, Oppelt J, et al. Whole genome sequences of Treponema pallidum subsp. endemicum isolated from Cuban patients: The non-clonal character of isolates suggests a persistent human infection rather than a single outbreak. PLoS Negl Trop Dis. 2022 Jun 10;16(6):e0009900.

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Un nuevo algoritmo inferencial ha revelado que solo entre 1.5 y 7 % del genoma humano moderno es exclusivamente humano, y que en los últimos 600000 años han ocurrido cambios adaptativos en genes relacionados con el desarrollo y las funciones del cerebro. Los detalles en Schaefer NK, Shapiro B, Green RE. An ancestral recombination graph of human, Neanderthal, and Denisovan genomes. Science Advances. 2021;7(29):eabc0776.

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TBMuestras pulmonares obtenidas por cirugía de pacientes tuberculosos tuvieron un 40 % de infecciones por al menos dos cepas no relacionadas, a partir de la secuenciación genómica, lo que puede pasar inadvertido en muestras de esputo. Las implicaciones clínicas son discutidas en Moreno-Molina M, Shubladze N, Khurtsilava I, Avaliani Z, Bablishvili N, Torres-Puente M, et al. Genomic analyses of Mycobacterium tuberculosis from human lung resections reveal a high frequency of polyclonal infections. Nature Communications. 2021;12:2716.

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GisaidLa herramienta GISAID ha recibido 1,2 millones de secuencias de genoma del SARS-CoV-2, provenientes de 178 países. Ello ha sido crucial para estudiar los brotes y la aparición de variantes, un ejemplo de la nueva “epidemiología genómica”. Un comentario al respecto aparece en Maxmen A. One million coronavirus sequences: popular genome site hits mega milestone. Nature, 2021; doi: https://doi.org/10.1038/d41586-021-01069-w.

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CubanfungiEl análisis filogenético de muestras de hongos del género Aspergilo identificó las especies A. niger, A. flavus, A. fumigatus, y A. tubingensis como los más abundantes en los hogares de la capital cubana. Los detalles en Sánchez KC, Almaguer M, Duarte-Escalante E, Rojas TI, Frías-De-León MG, Reyes-Montes MR. Phylogenetic Identification, Diversity, and Richness of Aspergillus from Homes in Havana, Cuba. Microorganisms 2021;9(1):115.

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COVID_epidemiolLa tasa de mutaciones del SARS-CoV-2 es menor que su velocidad de propagación, lo que no solo permite seguir las pistas de las cepas circulantes y estimar sus relaciones, sino también evaluar la efectividad de las medidas que se toman para su control. Lea Worobey M, Pekar J, Larsen BB, Nelson MI, Hill V, Joy JB, et al. The emergence of SARS-CoV-2 in Europe and North America. Science, 2020:eabc8169.

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CoxsackieEl análisis de los genotipos de cepas circulantes de virus Coxsackie entre los años 1986 y 2009 en Cuba, reveló que al menos dos de ellas circulaban en el país dos años antes de detectarse la epidemia. Los datos filogeográficos aportan a la comprensión de la diseminación viral, de acuerdo con Fonseca MC, Pupo-Meriño M, García-González LA, Resik S, Hung LH, Muné M, et al. Molecular evolution of coxsackievirus A24v in Cuba over 23-years, 1986-2009. Sci Rep. 2020 Aug 13;10(1):13761.