Filogenética

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SARSCoV-2La secuenciación y análisis filogenéticos de coronavirus aislados de pangolines capturados en el sur de China, han revelado una estrecha similitud con el SARS CoV-2. Ello coloca al pangolín (Manis javanica) como un posible eslabón en la cadena que llevó a la actual pandemia. El reporte, aún como manuscrito no editado, puede descargarse en Lam TT, Shum MH, Zhu H, Tong YG, Ni XB, Liao YS, et al. Identifying SARS-CoV-2 related coronaviruses in Malayan pangolins. Nature 2020; https://doi.org/10.1038/s41586-020-2169-0.

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SARSCoV2.jpgLas características distintivas del genoma del coronavirus SARS-CoV-2 revelan que no es una construcción de laboratorio ni fue manipulado intencionalmente. Tampoco queda claro cuál puede haber sido el hospedero que dio origen a este patógeno emergente, de acuerdo con la opinión de Andersen KG, Rambaut A, Lipkin WI, Holmes EC, Garry RF. The proximal origin of SARS-CoV-2. Nature Medicine 2020; https://doi.org/10.1038/s41591-020-0820-9

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2020 02 11 - CoronavirusEl estudio del genoma del nuevo coronavirus ha encontrado que se distingue del virus que causó el SARS, en más de 380 aminoácidos, lo que podría explicar en parte las diferencias patogénicas entre ambos agentes. Otros interesantes hallazgos están en Wu A, Peng Y, Huang B, Ding X, Wang X, Niu P, et al. Genome Composition and Divergence of the Novel Coronavirus (2019-nCoV). Originating in China. Cell Host & Microbe 2020; DOI:https://doi.org/10.1016/j.chom.2020.02.001

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2020 02 02 2019 nCoVLa secuenciación y análisis del genoma del coronavirus responsable del brote iniciado en Wuhan, China, han revelado que es un nuevo miembro del género Betacoronavirus, pudo provenir de murciélagos y podría unirse al receptor 2 de la enzima convertidora de angiotensina. Esos y otros detalles aparecen en Lu R, Zhao X, Li J, Niu P, Yang B, Wu H, et al. Genomic characterisation and epidemiology of 2019 novel coronavirus: implications for virus origins and receptor binding. The Lancet 2020; DOI:https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30251-8.

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TeriManolioLa mayor parte de los estudios genómicos han sido realizados en individuos de origen europeo, lo que limita la aplicación de sus resultados en la atención clínica a pacientes de ascendencia no europea. Entre los llamados para que las investigaciones incluyan todos los genofondos, está el de Manolio TA. Using the Data We Have: Improving Diversity in Genomic Research. Am J Hum Gen 2019;105(2):233-236.

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2019 04 12 HGTLa transferencia horizontal de genes entre las bacterias del microbioma humano es un fenómeno común y que puede llegar hasta más de la mitad de los genes en los genomas estudiados. También se han identificado genes que se comparten menos, por lo que son más útiles en los estudios filogenéticos. Tales hallazgos son descritos en Jeong H, Arif B, Caetano-Anollés G, Kim KM, Nasir A. Horizontal gene transfer in human-associated microorganisms inferred by phylogenetic reconstruction and reconciliation. Scientific Reports, 2009;9:5953.

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2019 04 15 cholera1916La más antigua cepa de Vibrio cholerae, obtenida de un soldado británico en 1916, durante la Primera Guerra Mundial, ha sido secuenciada. Se ha encontrado que no producía toxina colérica y contenía el gen de resistencia a la penicilina, décadas antes de que el antibiótico se obtuviera. El reporte original aparece en Dorman MJ, Kane L, Domman D, Turnbull JD, Cormie C, Fazal MA, et al. The history, genome and biology of NCTC 30: a non-pandemic Vibrio cholerae isolate from World War One. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 2019;286(1900):20182025.

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2018 12 17 wormsLos genomas de 54 especies de parásitos, tanto nemátodos como platelmintos, han sido secuenciados y comparados. Nuevas dianas terapéuticas han sido identificadas, de acuerdo con los autores en International Helminth Genomes Consortium. Comparative genomics of the major parasitic worms. Nature Genetics 2018; http://dx.doi.org/10.1038%2Fs41588-018-0262-1.