Filogenética

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2016 05 21 - mosquito to humanEl análisis filogenético de 41 cepas de virus zika de América del Sur, Polinesia, Malasia y Nigeria reveló cambios en una proteína que podrían alterar su virulencia. Los hallazgos al respecto son presentados en Wang L, Valderramos SG, Wu A, Ouyang S, Li C, Brasil P, et al. From Mosquitos to Humans: Genetic Evolution of Zika Virus. Cell Host and Microbe 2016;19(5):561–565.

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2016 04 09 Americas 1La secuenciación y el análisis filogenético del ADN mitocondrial de restos humanos precolombinos sugieren la entrada de humanos por el estrecho de Bering a partir de poblaciones de Siberia oriental. Otros detalles se revelan en Llamas B, Fehren-Schmitz L, Valverde G, Soubrier J, Mallick S, Rohland N, et al. Ancient mitochondrial DNA provides high-resolution time scale of the peopling of the Americas. Science Advances 01 Apr 2016;2(4):e1501385.

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2016 04 09 zikaLos análisis filogenéticos sugieren una única introducción del virus del zika en las Américas, así como sus vías de diseminación a partir de Brasil. Estos y otros hallazgos son descritos en Rodrigues Faria N, do Socorro R, Kraemer MUG, Souza R, Sequetin Cunha M, Hill SC, et al. Zika virus in the Americas: Early epidemiological and genetic findings. Science  24 Mar 2016; DOI: 10.1126/science.aaf5036.

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2016 04 09 Leishmania 1La epidemia de Leishmania donovani que afecta al subcontinente indio ha sido estudiada por secuenciación completa de varias muestras, lo que ha revelado la diseminación de una mutación responsable de la resistencia a la terapia farmacológica. El estudio puede ser consultado en Imamura H, Downing T, Van den Broeck F, Sanders MJ, Rijal S, Sundar S, et al. Evolutionary genomics of epidemic visceral leishmaniasis in the Indian subcontinent. eLife 2016;5:e12613.

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zika-phyloLa comparación de las secuencias reportadas para cepas de virus antes y después de la actual epidemia ha identificado algunas diferencias para el actual brote. Lea al respecto en Zhu Z, Chan JFW, Tee KM, Choi GKY, Lau SKP, Woo PCY, et al. Comparative genomic analysis of pre-epidemic and epidemic Zika virus strains for virological factors potentially associated with the rapidly expanding epidemic. Emerging Microbes & Infections 2016;5:e22.

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OBSall_20150914.svgLas epidemias de peste bubónica se prolongaron en Europa al menos tres siglos más después de la pandemia de muerte negra, de acuerdo con secuencias genómicas de Yersinia pestis del siglo XVIII. El estudio puede ser consultado en Bos KI, Herbig A, Sahl J, Waglechner N, Fourment M, Forrest SA, et al. Eighteenth century Yersinia pestis genomes reveal the long-term persistence of an historical plague focus. eLife 2016;5:e12994.

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zikaEl reporte de la secuenciación y el análisis del genoma del virus zika, obtenido en Brasil a partir de líquido amniótico de gestantes con fetos que presentaron microcefalia, puede ser consultado en Calvet G, Aguiar RS, Melo ASO, Sampaio SA, de Filippis I, Fabri A, et al. Detection and sequencing of Zika virus from amniotic fluid of fetuses with microcephaly in Brazil: a case study. The Lancet 17 February 2016; DOI: http://dx.doi.org/10.1016/S1473-3099(16)00095-5.

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ebolaUna nueva tecnología portátil para la secuenciación del genoma fue empleada en Guinea para estudiar la evolución de las muestras positivas de ébola, con resultados entre 15 y 60 minutos. Así se describe en Quick J, Loman NJ, Duraffour S, Simpson JT, Severi E, Cowley L, et al. Real-time, portable genome sequencing for Ebola surveillance. Nature 2016; doi:10.1038/nature16996.

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vancomycinLa secuenciación del genoma completo de una cepa de enterococo resistente a vancomicina permitió seguir su trasmisión en un hospital británico. La importancia epidemiológica de esta aplicación puede apreciarse en Brodrick HJ, Raven KR, Harrison EM, Blane B, Reuter S, Török ME, et al. Whole-genome sequencing reveals transmission of vancomycin-resistant Enterococcus faecium in a healthcare network. Genome Medicine 2016;8:4.