Filogenética

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2017 07 26 - microbiomaPor medio de la secuenciación masiva de ADN circulante en la sangre de más de mil muestras de 188 individuos, y su análisis bioinformático, se ha encontrado una amplísima variedad de nuevos miembros del microbioma humano, tanto bacterias como virus. Se incrementa así, y notablemente, la complejidad y diversidad de la composición microbiana del cuerpo humano, según Kowarsky M, Camunas-Soler J, Kertesz M, De Vlaminck I, Koh W, Pan W, et al. Numerous uncharacterized and highly divergent microbes which colonize humans are revealed by circulating cell-free DNA. PNAS 2017; doi: 10.1073/pnas.1707009114.

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2017 07 22 mrsaPor medio de la secuenciación del genoma completo de las primeras cepas de estafiloco dorado resistente a meticilina y su análisis filogenético, se ha estimado que tales colonias emergieron en la década de 1940, unos veinte años antes de la introducción del antibiótico en la práctica clínica. Este interesante hallazgo y sus implicaciones son comentadas en Harkins CP, Pichon B, Doumith M, Parkhill J, Westh H, Tomasz A, et al. Methicillin-resistant Staphylococcus aureus emerged long before the introduction of methicillin into clinical practice. Genome Biology 2017;18:130.

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2017 06 24 MommiesEl estudio de los genomas de tres momias egipcias datadas de un periodo de 1300 años, ha revelado que los pobladores del antiguo Egipto compartían más similitudes genéticas con los habitantes del Cercano Oriente que con los egipcios actuales. Tales son las conclusiones aparecidas en Schuenemann VJ, Peltzer A, Welte B, van Pelt WP, Molak M, Wang CC, et al. Ancient Egyptian mummy genomes suggest an increase of Sub-Saharan African ancestry in post-Roman periods. Nature Communications 2017;8:15694.

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2017 06 24 Giant virusUn nuevo grupo de virus gigantes, denominado como Klosneuviruses, ha sido descubierto en datos metagenómicos. No parece que evolucionaran a partir de un ancestro celular sino de otros virus más pequeños. Puede leer el original en Schulz F, Yutin N, Ivanova NN, Ortega DR, Lee TK, Vierheilig J, et al. Giant viruses with an expanded complement of translation system components. Science  2017;356(6333):82-85.

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2017 04 16 AedesLa secuenciación del exoma de mosquitos de A. aegypti coleccionados en cinco diferentes locaciones del mundo ha revelado que la especie habitante en la costa occidental de África migró hacia América y Asia. El estudio aparece en Crawford JE, Alves JM, Palmer WJ, Day JP, Sylla M, Ramasamy R, et al. Population genomics reveals that an anthropophilic population of Aedes aegypti mosquitoes in West Africa recently gave rise to American and Asian populations of this major disease vector. BMC Biology 2017;15:16.

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2017 04 16 AspergillusLos resultados de la comparación filogenética de cinco especies de hongos del género Aspergillus, y el análisis de sus implicaciones industriales y médicas, son presentados en de Vries RP, Riley R, Wiebenga A, Aguilar-Osorio G, Amillis S, Uchima CA, et al. Comparative genomics reveals high biological diversity and specific adaptations in the industrially and medically important fungal genus Aspergillus. Genome Biology 2017;18:28.

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El seguimiento a una bacteria resistente a vancomicina aparece en Raven KE, Gouliouris T, Brodrick H, Coll F, Brown NM, Reynolds R, et al. Complex Routes of Nosocomial Vancomycin-Resistant Enterococcus faecium Transmission Revealed by Genome Sequencing. Clin Infect Dis 2017 ciw872. doi: 10.1093/cid/ciw872.
2017 02 24 H pyloriPuede leer sobre la evolución de la infección por Helicobacter pylori en las Américas en Thorell K, Yahara K, Berthenet E, Lawson DJ, Mikhail J, Kato I, et al. Rapid evolution of distinct Helicobacter pylori subpopulations in the Americas. PLoS Genet 2017;13(2):e1006546.

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2017 02 24 begomovirusLas secuencias genómicas completas de dos nuevos miembros del género Begomovirus, que infectan el frijol común (Phaseolus vulgaris) en Cuba, han sido reportadas y propuestas su denominación como virus del mosaico severo y virus del moteado del frijol común. Los detalles son descritos en Chang-Sidorchuk L, González-Alvarez H, Navas-Castillo J, Fiallo-Olivé E, Martínez-Zubiaur Y. Complete genome sequences of two novel bipartite begomoviruses infecting common bean in Cuba. Arch Virol. 2017 Feb 6. doi: 10.1007/s00705-016-3209-9.

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CB_Fig2La secuenciación de una cepa antigua de virus variólico y su comparación con muestras más recientes ha mostrado que la diversificación del agente ha ocurrido en los últimos siglos, junto a la vacunación. Lea los detalles en Duggan AT, Perdomo MF, Piombino-Mascali D, Marciniak S, Poinar D, Emery MV, et al. 17th Century Variola Virus Reveals the Recent History of Smallpox. Current Biology 2016; http://dx.doi.org/10.1016/j.cub.2016.10.061.

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Lieberman TDLas peculiaridades de la migración del Mycobacterium tuberculosis entre órganos de individuos con vih son divulgadas en Lieberman TD, Wilson D, Misra R, Xiong LL, Moodley P, Cohen T, et al. Genomic diversity in autopsy samples reveals within-host dissemination of HIV-associated Mycobacterium tuberculosis. Nature Medicine 2016; doi:10.1038/nm.4205. Mientras, la distribución global de una cepa de la bacteria es dilucidada en Stucki D, Brites D, Jeljeli L, Coscolla M, Liu Q, Trauner A, et al. Mycobacterium tuberculosis lineage 4 comprises globally distributed and geographically restricted sublineages. Nature Genetics 2016; doi:10.1038/ng.3704.