Proteómica

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ENCODEEntre los elementos recién publicados de ENCODE (Encyclopedia of DNA Elements) están una nueva plataforma de acceso, llamada SCREEN, así como un mapa funcional de proteínas que se unen a ARN humanos. Puede ver un listado cronológico de publicaciones de ENCODE, o el artículo líder The ENCODE Project Consortium, Moore JE, Purcaro MJ, Pratt HE, Epstein CB, Shoresh N, et al. Expanded encyclopaedias of DNA elements in the human and mouse genomes. Nature, 2020;583:699–710.

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PWASLos estudios de asociación de proteoma completo (en inglés Proteome-Wide Association Study, PWAS) buscan relaciones genotipo-fenotipo mediadas por alteraciones en la función de las proteínas. Emplean técnicas de aprendizaje automático y modelos probabilísticos, de acuerdo con la descripción en Brandes N, Linial B, Linial M. PWAS: proteome-wide association study—linking genes and phenotypes by functional variation in proteins. Genome Biology, 2020;21:173.

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2019 04 15 proteome cognitionUn estudio de asociación proteómica ha identificado al menos 38 proteínas que no se relacionan con trastornos neurológicos y se asocian con la trayectoria cognitiva de adultos mayores. Los detalles son divulgados en Wingo AP, Dammer EB, Breen MS, Logsdon BA, Duong DM, Troncosco JC, et al. Large-scale proteomic analysis of human brain identifies proteins associated with cognitive trajectory in advanced age. Nature Communications 2019;10:1619.

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2019 04 15 B cancer proteomeLa clasificación actual de los tumores malignos de mama parece ser incompleta, y el conocimiento sobre algunos subtipos raros podría mejorar, todo a partir del estudio de cerca de mil proteínas expresadas en esta enfermedad. También se han estudiado algunas secuencias no codificadoras y los niveles de ARNm específicos, según aparece en Johansson HJ, Socciarelli F, Vacanti NM, Haugen MH, Zhu Y, Siavelis I, et al. Breast cancer quantitative proteome and proteogenomic landscape. Nature Communications 2019;10:1600.

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2017 06 24 UterineEl líquido uterino puede influir en la salud fetal a través de cambios epigenéticos y ser una fuente de biomarcadores con múltiples aplicaciones clínicas. Así opinan los autores del trabajo Zhang Y, Wang Q, Wang H, Duan E. Uterine Fluid in Pregnancy: A Biological and Clinical Outlook. Trends in Molecular Medicine 2017;23(7):604–614.

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Los avances en las aplicaciones de la proteómica en la búsqueda de biomarcadores anuncian las posibilidades de esta tecnología para avanzar hacia estudios de alcance población. Tal es la opinión expresada en Benson MD, Sabatine MS, Gerszten RE. The Prospects for Cardiovascular Proteomics, A Glass Approaching Half Full. JAMA Cardiol. 2016;1(3):245-246.

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2016 06 12 - MPLExMPLEx es un protocolo para la extracción de metabolitos, proteínas y lípidos, aplicable a muestras de cultivos celulares, microorganismos y tejidos. La descripción y un ejemplo aparecen en Nakayasu ES, Nicora CD, Sims AC, Burnum-Johnson KE, Kim YM, Kyle JE, et al. MPLEx: a Robust and Universal Protocol for Single-Sample Integrative Proteomic, Metabolomic, and Lipidomic Analyses. mSystems 2016; DOI: 10.1128/mSystems.00043-16.