Proteómica

0

Para abordar la diversidad de formas de las proteínas humanas, a partir de los polimorfismos genéticos, las variantes de procesamiento de ARN y las modificaciones postraduccionales, se propone iniciar el Proyecto Proteoforma Humano. Su estrategia es presentada en Smith LM, Agar JN, Chamot-Rooke J, Danis PO, Ge Y, Loo JA, et al. The Human Proteoform Project: Defining the human proteome. Science Advances, Nov 2021;7(46); DOI: 10.1126/sciadv.abk0734.

0

Un método de inteligencia artificial ha expandido el número de estructuras predichas para el 98.5 % de las proteínas humanas, lo cual beneficiará el desarrollo de fármacos, entre otras aplicaciones. El reporte y dos comentarios están disponibles en:
Highly accurate protein structure prediction for the human proteome
New public database of AI-predicted protein structures could transform biology
DeepMind’s AI predicts structures for a vast trove of proteins

0

ObeseEl estudio de más de mil proteínas que circulan en la sangre ha mostrado la relación del índice de masa corporal con algunas de aquellas, como son LEPR/LEP, IGFBP1, WFIKKN2, AGER, DPT y CTSA. Podrían generar algunas dianas terapéuticas, según Zaghlool SB, Sharma S, Molnar M, Matías-García PR, Elhadad MA, Waldenberger M, et al. Revealing the role of the human blood plasma proteome in obesity using genetic drivers. Nature Communications 2021;12:1279.

0

HUPOEl 90,4 % de las 19773 proteínas que se estima codifica el genoma humano, ha sido caracterizado por espectrometría de masa o inmunoensayos, entre otros métodos. Este avance, que ha tomado diez años del Proyecto Proteoma Humano (HUPO), es comentado en Adhikari S, Nice EC, Deutsch EW, Lane L, Omenn GS, Pennington SR, et al. A high-stringency blueprint of the human proteome. Nature Communications 2020;11:5301.

0

ENCODEEntre los elementos recién publicados de ENCODE (Encyclopedia of DNA Elements) están una nueva plataforma de acceso, llamada SCREEN, así como un mapa funcional de proteínas que se unen a ARN humanos. Puede ver un listado cronológico de publicaciones de ENCODE, o el artículo líder The ENCODE Project Consortium, Moore JE, Purcaro MJ, Pratt HE, Epstein CB, Shoresh N, et al. Expanded encyclopaedias of DNA elements in the human and mouse genomes. Nature, 2020;583:699–710.

0

PWASLos estudios de asociación de proteoma completo (en inglés Proteome-Wide Association Study, PWAS) buscan relaciones genotipo-fenotipo mediadas por alteraciones en la función de las proteínas. Emplean técnicas de aprendizaje automático y modelos probabilísticos, de acuerdo con la descripción en Brandes N, Linial B, Linial M. PWAS: proteome-wide association study—linking genes and phenotypes by functional variation in proteins. Genome Biology, 2020;21:173.

0

2019 04 15 proteome cognitionUn estudio de asociación proteómica ha identificado al menos 38 proteínas que no se relacionan con trastornos neurológicos y se asocian con la trayectoria cognitiva de adultos mayores. Los detalles son divulgados en Wingo AP, Dammer EB, Breen MS, Logsdon BA, Duong DM, Troncosco JC, et al. Large-scale proteomic analysis of human brain identifies proteins associated with cognitive trajectory in advanced age. Nature Communications 2019;10:1619.

0

2019 04 15 B cancer proteomeLa clasificación actual de los tumores malignos de mama parece ser incompleta, y el conocimiento sobre algunos subtipos raros podría mejorar, todo a partir del estudio de cerca de mil proteínas expresadas en esta enfermedad. También se han estudiado algunas secuencias no codificadoras y los niveles de ARNm específicos, según aparece en Johansson HJ, Socciarelli F, Vacanti NM, Haugen MH, Zhu Y, Siavelis I, et al. Breast cancer quantitative proteome and proteogenomic landscape. Nature Communications 2019;10:1600.