El análisis filogenético de cepas del virus de inmunodeficiencia de los simios (SIV) en muestras obtenidas de gorilas de Camerún ha encontrado secuencias ancestrales de las que pudo haber derivado el vih-1 del grupo O. El tema es discutido en D’arc M, Ayouba A, Esteban A, Learn GH, Boué V, Liegeois F, et al. Origin of the HIV-1 group O epidemic in western lowland gorillas. PNAS 2015;112(11):E1343–E1352.
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Por medio de una estrategia bioinformática basada en el análisis filogenético de secuencias de más de un centenar de otras especies eucariotas, se proponen funciones para cientos de genes humanos hasta ahora poco caracterizados. Lea el reporte en Dey G, Jaimovich A, Collins SR, Seki A, Meyer T. Systematic Discovery of Human Gene Function and Principles of Modular Organization through Phylogenetic Profiling. Cell Reports 17 February 2015;10(6):993–1006.
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La Universidad de California Santa Cruz ha incluido en su colección de recursos genómicos las secuencias virales de brotes anteriores y de la actual epidemia de ébola, junto a herramientas bioinformáticas para su estudio. Pueden ser consultados en el UCSC Ebola Genome Portal.
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La secuenciación del genoma completo fue usada para establecer las relaciones entre 114 cepas de Acinetobacter baumannii en un brote hospitalario del germen. La identificación de las fuentes de contaminación es uno de los resultados, sobre los que puede leer en Halachev MR, Chan JZM, Constantinidou CI, Cumley N, Bradley C, Smith-Banks M, et al. Genomic epidemiology of a protracted hospital outbreak caused by multidrug-resistant Acinetobacter baumannii in Birmingham, England. Genome Medicine 2014;6:70.
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312 cepas de Escherichia coli obtenidas de la sangre o la orina fueron secuenciadas para revelar las diferencias en la resistencia a antibióticos, los sitios de infección y los factores de virulencia. Los hallazgos son descritos en Salipante SJ, Roach DJ, Kitzman JO, Snyder, Stackhouse B, Butler-Wu SM, et al. Large-scale genomic sequencing of extraintestinal pathogenic Escherichia coli strains. Genome Res. November 4, 2014; doi: 10.1101/gr.180190.114.
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Las muestras de 78 enfermos infectados en la actual epidemia de ébola permitieron aislar 99 secuencias virales y reconstruir la historia del brote: derivada de una cepa de África central de 2004, cruzó de Guinea a Sierra Leona en mayo de 2014 con una sostenida transmisión entre humanos sin evidencia de otras fuentes zoonóticas adicionales. Las implicaciones de las mutaciones para el diagnóstico, las vacunas y los tratamientos son comentados en Gire SK, Goba A, Andersen, Sealfon RSG, Park DJ, Kanneh L, Jalloh S, et al. Genomic surveillance elucidates Ebola virus origin and transmission during the 2014 outbreak. Science 12 September 2014;345(6202):1369-1372.
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La secuenciación del genoma de 274 cepas del Vibrio cholerae reveló que los genes de fagos, profagos, trasposones y plásmidos son los de más rápida evolución en los genomas bacterianos. Tales son los resultados expuestos en Dutilh BE, Thompson CC, Vicente ACP, Marin MA, Lee C, Silva GGZ, et al. Comparative genomics of 274 Vibrio cholerae genomes reveals mobile functions structuring three niche dimensions. BMC Genomics 2014;15:654.
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Un grupo de mutaciones raras que afectan el gen que codifica para APOC3 se asocia con niveles más bajos de triglicéridos en el plasma y un menor riesgo de enfermedad arterial coronaria en sus portadores. El reporte aparece en TG and HDL Working Group of the Exome Sequencing Project, National Heart, Lung, and Blood Institute, Crosby J, Peloso GM, Auer PL, Crosslin DR, et al. Loss-of-Function Mutations in APOC3, Triglycerides, and Coronary Disease. N Engl J Med 2014;371:22-31.
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Un proyecto para caracterizar el genoma de la población holandesa ha estudiado a 250 familias y encontrado evidencias de múltiples migraciones antiguas, en correspondencia con los cambios históricos relativos a las inundaciones y el nivel del mar en ese país. Así se describe en Francioli LC, Menelaou A, Pulit SL, van Dijk F, Palamara FP, Elbers CC et al. Whole-genome sequence variation, population structure and demographic history of the Dutch population. Nature Genetics 2014; doi:10.1038/ng.3021.
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Las relaciones filogenéticas entre las cepas circulantes de VIH-2 en Cuba han mostrado que todas las secuencias cubanas se incluyen en el grupo A del virus en el país. No obstante, parecen haber ocurrido varias introducciones independientes del virus en el país. Tales son las conclusiones de Machado Zaldivar LY, Díaz Torres HM, Noa E, Martín D, Blanco de Armas M, Díaz DF, et al. Phylogenetic analysis of Human Immunodeficiency Virus type 2 isolated from Cuban individuals. AIDS Research and Human Retroviruses 2014; doi:10.1089/AID.2014.0090.
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Disponible la versión digital del libro "Cuba indígena hoy: rostros y ADN"
(Nota en CubaDebate)
