Un método de secuenciación ultraprofundo, denominado Ultra-deep targeted sequencing (UDT-Seq), permite detectar mutaciones somáticas de baja prevalencia en muestras tumorales. La sensibilidad reportada para el ensayo fue de 94 %, en tanto la especificidad superó el 99 %. Las potenciales aplicaciones clínicas del método se relacionan con la identificación de la clonalidad tumoral así como la selección de las mejores opciones de tratamiento, en opinión de los autores en Genome Biology, quienes depositaron los datos obtenidos en el NCBI.
Una nueva tecnología de secuenciamiento, denominada Benchtop Ion Proton Sequencer, puede procesar el genoma humano completo en apenas un día de trabajo a un costo de mil dólares. La mejoría en tiempo, precisión y precio podría tener un profundo impacto en las aplicaciones clínicas del secuenciamiento. Los fabricantes han solicitado la aprobación a la FDA y trabajan en la introducción progresiva de chips de capacidad creciente, según comenta el servicio de noticias Medical News Today.
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Dos de las principales plataformas empleadas para secuenciar el genoma humano, Illumina y Complete Genomics, han sido comparadas en el estudio de un individuo. El 88,1 % de los polimorfismos mononucleotídicos fue identificado por ambas tecnologías, mientras que solo se encontró un 26,5 % de concordancia para las inserciones-deleciones. Más del 60 % de las variantes detectadas por las plataformas independientes estaban efectivamente presentes en el genoma. Lea el artículo completo en Nature Biotechnology.
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Los anticuerpos contra el factor VIII de la coagulación reducen el efecto terapéutico de esta sustancia en pacientes con hemofilia A. Por medio de algoritmos inmunoinformáticos se identificaron epítopes en el dominio C2, así como las mutaciones que reducen su inmunogenicidad. Esta estrategia es empleada para producir una molécula con actividad clínica mejorada, de acuerdo con un trabajo en Clin Immunol.
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La creación de nuevos minigenes sintéticos a partir de la identificación de epítopes T y la modificación de su secuencia para potenciar su inmunogenicidad son aplicaciones de los algoritmos bioinformáticos disponibles en la actualidad. El empleo de estas herramientas en el desarrollo de vacunas de ADN basadas en epítopes y su evaluación preclínica contra el linfoma de células B son abordados en un artículo de revisión en Biotechnol Adv.
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Por medio del secuenciamiento ultraprofundo de microARNs (ultra-deep miRNA-seq) y estudios de transformación en diez tejidos humanos se encontró que las variantes de estas pequeñas moléculas, conocidas como isomiRs, se asocian también al ARNm unido a los polirribosomas. Se trata, por tanto, de una red compleja de microARNs y variantes, completamente funcional, que cooperan en la regulación de vías génicas. Puede leer el reporte en Genome Biology.
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La mezcla de muestras de ADN reduce los costos de los estudios genómicos a nivel poblacional, aunque la interpretación de los datos derivados representa un problema significativo. El paquete PoPoolation2 contiene un amplio conjunto de métodos estadísticos para la determinación de las frecuencias alélicas en poblaciones diferentes, al tiempo que predice los niveles de divergencia entre las muestras utilizadas. Acceda al resumen en Bioinformatics.
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El secuenciamiento del genoma completo de dos cepas de Streptococcus pneumoniae resistentes a la penicilina mostró seis genes mutados, tres de ellos relacionados con proteínas de unión al antibiótico. Sin embargo, la mutación en otra molécula, la permeasa de hierro spr1178, redujo la acumulación de especies reactivas de oxígeno tras la exposición a varias sustancias bactericidas. El estudio genómico aportó la descripción de nuevos determinantes de resistencia en este frecuente patógeno, según aparece en Genome Biology.
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Los genomas completos de un hombre y una mujer que superaron los 114 años de vida han mostrado una frecuencia de genes de susceptibilidad a las enfermedades comunes similar a la de la población general. No obstante, la diferencia podría residir en que los centenarios probablemente presenten variantes asociadas con la longevidad que contrarresten los genes de enfermedad, hasta el punto de que las enfermedades no ocurran o, si lo hacen, sean menos patogénicas o se retrasen hasta el final de la vida. Tales hallazgos aparecen en Frontiers in Genetics.
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