The Transcription Factor Encyclopedia es un compendio de más de un centenar minirrevisiones de libre acceso sobre los factores de transcripción descubiertos en el humano, el ratón y la rata. El sitio web permite generar datos y reportes en PDF. La descripción de este recurso es abordada en Genome Biology 2012, 13:R24.
Una versión modificada del algoritmo PageRank de Google ha permitido ordenar unas veinte mil proteínas de acuerdo con su relevancia en la progresión del cáncer pancreático. Siete proteínas fueron seleccionadas por sus posibilidades en la evaluación de la agresividad tumoral y la decisión de indicar o no la quimioterapia. Esta aplicación aparece en PLoS Computational Biology 8(5): e1002511.
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El objetivo inicial de encontrar las enzimas que se unen al ARN, en un proyecto del Laboratorio Europeo de Biología Molecular, culminó en el descubrimiento de 300 nuevas proteínas con esa misma afinidad. De ellas, alrededor de 50 moléculas participan en su forma mutada en enfermedades como diabetes mellitus, glaucoma, cáncer de próstata y tumores malignos de páncreas. El resumen del reporte está disponible en Cell 2012;149(6):1393-1406.
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El empleo de la secuenciación profunda (en inglés, deep sequencing) para relacionar estructura y función, ha permitido el diseño de pequeñas proteínas que inhiben el ciclo patogénico del virus de la influenza. Los nuevos antivirales en desarrollo tienen una alta afinidad y son de amplio espectro, en términos del número de cepas al que pueden afectar, incluyendo la influenza pandémica A H1N1. Revise el texto completo del artículo en Nature Biotechnology 2012;30:543-548.
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Está disponible el mayor volumen de datos nunca antes publicado sobre el cáncer humano, derivado del Pediatric Cancer Genome Project. La intención de la iniciativa es secuenciar más de 1200 genomas para fin de año, aunque ahora se divulgan 520 obtenidos de muestras de tejidos normales y tumorales de 260 pacientes pediátricos. El anuncio apareció en Nature Genetics 2012;44:619-622, y los datos pueden consultarse en el Instituto Europeo de Bioinformática.
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Las cepas B y K-12 de E. coli han sido comparadas exhaustivamente por medio del análisis de sus genomas, transcriptomas, proteomas y fenomas. Los resultados han sugerido que E. coli B está bien capacitada para la producción de proteínas recombinantes, por la carencia de flagelos y menos proteasas. E. coli K-12, en cambio, tiene una mayor expresión de proteínas de choque térmico y es menos susceptible a ciertas condiciones de estrés. Puede acceder al trabajo en Genome Biology 2012, 13:R37.
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El re-secuenciamiento de diez líneas cultivadas del protozoario Entamoeba histolytica ha mostrado un bajo nivel de diversidad en su genoma, a pesar de grandes diferencias en el contenido de las familias de genes y del número de copias. El patrón de polimorfismos ha sugerido la posibilidad de reproducción sexual en este parásito, lo que nunca se ha comprobado. Lea el artículo completo en Genome Biology 2012, 13:R38.
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La Universidad de California en Santa Cruz ha lanzado un repositorio para almacenar y publicar los masivos volúmenes de datos generados por los proyectos de genómica de cáncer. El nuevo recurso se nombra Cancer Genomics Hub (CGHub) y, con capacidad de 5 petabytes, fue generado para respaldar tres grandes proyectos del Instituto Nacional del Cáncer de Estados Unidos: The Cancer Genome Atlas, the Therapeutically Applicable Research to Generate Effective Treatments program, y The Cancer Genome Characterization Initiative.
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En los últimos meses se han publicado los resultados de la secuenciación o de análisis más profundos del genoma de organismos diversos. El genoma del tomate, publicado en Nature 2012;485:635–641, difiere en apenas un 8% del de la papa y se estima tiene unos 35000 genes. La mariposa cartero, una especie suramericana, ha revelado claves acerca de las señales genéticas que regulan la formación de patrones y mimetismos como mecanismo de supervivencia; su secuencia genómica también fue divulgada en Nature 2012;05(16). El más completo análisis del genoma del maíz aparece en Nature Genetics 2012;6(3).
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El Instituto de Genómica de Beijing, la más grande organización de su tipo en el mundo, ha desarrollado EasyGenomics, un servicio de software basado en nube (cloud computing), de aplicación en las tecnologías “-ómicas”. Con una interfase amigable, facilita el acceso a datos complejos derivados de experimentos de secuenciación de próxima generación con un rápido tiempo de respuesta, resultados confiables y monitoreo en tiempo real. La entrega de datos, basada en la tecnología de transferencia Aspera, se espera sea entre 10 y 100 veces más rápida en comparación con el ftp.
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