El genoma del parásito Trichinella spiralis ha sido secuenciado y se estima que contiene 15 808 genes. El análisis comparativo ha revelado un predominio de eventos de ganancia y pérdida de genes en los nemátodos en relación con el genoma de la mosca Drosophila melanogaster. Se espera que estos resultados favorezcan el desarrollo de nuevas estrategias para el combate a este parásito zoonótico, en opinión de los autores del artículo publicado en Nature Genetics.
La lucha contra la tripanomiasis africana se ha dificultado por la variabilidad antigénica del agente causal. A partir de herramientas inmunoinformáticas, investigadores indios han identificado, entre otros, los epítopes FLINKKPAL y FTALCTLAA, conservados en el Trypanosoma brucei, lo que permitió el diseño de candidatos vacunales multiepitópicos efectivos incluso en poblaciones no africanas. Consulte el resumen del reporte en Microbial Pathogenesis.
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La Agencia de Medicamentos y Alimentos (FDA, por sus siglas en inglés) de Estados Unidos ha emitido un borrador para una directriz que permita a los desarrolladores de medicamentos evaluar cómo las variaciones genómicas humanas pueden afectar el modo en que funcionan los fármacos en diferentes personas y cómo pueden causar respuestas clínicas variables. El documento, en fase de discusión pública hasta el mes de abril, se denomina Clinical Pharmacogenomics: Premarketing Evaluation in Early Phase Clinical Studies y puede ser descargado en PDF.
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De acuerdo con el análisis computacional de unos 200 genomas humanos secuenciados en la fase piloto del Proyecto de los 1000 Genomas, el mecanismo clásicamente aceptado para la adaptación genética de nuestra especie podría ser poco frecuente. El modelo de fijación selectiva de mutaciones ventajosas se contrapone a las recientes evidencias que apuntan hacia un fenómeno poligénico de pequeños cambios en muchos genes, similar a como sucede en muchas de las enfermedades comunes. Lea el resumen en Science.
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Una revista en línea, con revisión por pares y de acceso abierto, publicará artículos originales en todos los aspectos del desarrollo de enfoques bioinformáticos, incluyendo herramientas, metodologías e integración de datos, para la medicina clínica y traduccional. The Journal of Clinical Bioinformatics pretende dilucidar cómo la información biológica y médica puede ser aplicada al desarrollo de la medicina y el tratamiento personalizados, a partir de la traducción de la bioinformática y los métodos computacionales en la práctica clínica, así como en el avance de nuestra comprensión de los mecanismos celulares y moleculares de las enfermedades. Lea el editorial de lanzamiento.
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Entre las preocupaciones por la pandemia de influenza A H1N1 estaba la ausencia de anticuerpos capaces de proteger, lo que podía conducir a una alta letalidad; sin embargo, la severidad de la enfermedad fue menor que la esperada. A partir de herramientas inmunoinformáticas, se predijo la existencia de una reactividad cruzada protectora a partir de linfocitos T CD4+ específicos para los virus de la gripe estacional de los años 2008 y 2009. Ensayos con leucitos de sangre periférica de donantes no expuestos a la gripe pandémica han confirmado una precisión de entre el 80 y el 90 % de los métodos computacionales para predecir los perfiles de respuesta inmune a este virus. Puede leer el resumen en Vaccine.
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La neuraminidasa (NA) es una enzima que el virus de la influenza A H1N1 utiliza para eliminar el ácido siálico de las cadenas de carbohidrato, un paso clave en la infección por este agente. A partir del secuenciamiento de genes de NA, se emplearon algoritmos inmunoinformáticos para predecir epítopes B, los cuales fueron sintetizados artificialmente y evaluados en conejos para determinar su inmunogenicidad. El procedimiento permitió identificar cinco péptidos: LR17, SS12, DP9, DS11 y DI14, capaces de estimular la formación de anticuerpos neutralizantes contra el virus pandémico A H1N1 en un ensayo in vitro de microneutralización. El alineamiento con bases de datos reveló que los aminoácidos de los péptidos están altamente conservados entre cepas del virus de todo el mundo, lo cual apoya su utilidad para vacunas peptídicas sintéticas contra la gripe pandémica. El resumen del artículo está disponible en Vaccine.
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Las herramientas genotípicas basadas en el análisis de la región V3 de la envoltura del virus de la inmunodeficiencia humana (VIH) se perfilan como la alternativa a los ensayos fenotípicos para la determinación del tropismo del VIH por los receptores de quimiocinas CCR5 y CXCR4 en la práctica clínica. A partir del secuenciamiento de la región V3 de de 92 pacientes, 72 infectados por subtipo B y 20 por no-B, y su análisis con 8 algoritmos distintos, se encontró una alta concordancia entre los distintos algoritmos genotípicos utilizados para la determinación del tropismo viral en pacientes infectados con subtipo B, especialmente con webPSSMSINSI y geno2pheno o Wetcat. La falta de consenso para subtipos no-B podría justificarse por su baja prevalencia en las bases de datos empleadas para el entrenamiento de los predictores genotípicos. Acceda al reporte en Enfermedades Infecciosas y Microbiología Clínica.
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Investigadores españoles han publicado el primer estudio que demuestra la capacidad de los programas computacionales comúnmente utilizados para estudiar el acoplamiento entre proteínas para predecir la estructura de complejos macromoleculares. Los autores utilizan programas que normalmente se emplean para predecir la estructura de complejos de proteínas que ya se sabe que interactúan, para detectar en grandes colecciones de estructuras de proteínas los posibles componentes de complejos macromoleculares. Tales resultados abren nuevas posibilidades para el modelado de los complejos de proteínas como paso previo a la interpretación de las mutaciones relacionadas con el cáncer. Puede leer el trabajo en Molecular Systems Biology.
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