Inmunoinformática

Nuevos antígenos en tumores generan respuesta inmune

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La combinación de secuenciación del exoma y metodologías bioinformáticas condujo a predecir antígenos de neoformación en las leucemias, verificar su unión experimental a HLA y detectar linfocitos T CD8+ específicos en los pacientes afectados. Lea sobre estas tecnologías y sus resultados en Rajasagi M, Shukla SA, Fritsch EF, Keskin DB, DeLuca D, Carmona E, et al. Systematic identification of personal tumor-specific neoantigens in chronic lymphocytic leukemia. Blood. 2014 Jun 2. pii: blood-2014-04-567933.

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Estudian evolución de VIH-2 en Cuba

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Las relaciones filogenéticas entre las cepas circulantes de VIH-2 en Cuba han mostrado que todas las secuencias cubanas se incluyen en el grupo A del virus en el país. No obstante, parecen haber ocurrido varias introducciones independientes del virus en el país. Tales son las conclusiones de Machado Zaldivar LY, Díaz Torres HM, Noa E, Martín D, Blanco de Armas M, Díaz DF, et al. Phylogenetic analysis of Human Immunodeficiency Virus type 2 isolated from Cuban individuals. AIDS Research and Human Retroviruses 2014; doi:10.1089/AID.2014.0090.

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Epidemiología molecular de B. pertussis

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La comparación genómica de 343 cepas de Bordetella pertussis, aisladas entre 1920 y 2010, permitió trazar la diseminación geográfica e histórica de la bacteria, así como los cambios en las proteínas implicadas en la inmunidad protectora tras la vacunación. Puede acceder a todos los resultados en Bart MJ, Harris SR, Advani A, Arakawa Y, Bottero D, Bouchez V, et al. Global Population Structure and Evolution of Bordetella pertussis and Their Relationship with Vaccination. mBio 22 April 2014;5(2):e01074-14.

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Bioinformática en la regulación de los interferones

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La identificación, por métodos bioinformáticos, de los factores de transcripción que regulan la expresión de los interferones de tipo I, podría conducir a nuevas terapias para las infecciones virales y las enfermedades autoinmunes. Así se concluye en Feng D, Barnes BJ. Bioinformatics analysis of the factors controlling type I IFN gene expression in autoimmune disease and virus-induced immunity. Front. Immunol. 2013;4:291. doi: 10.3389/fimmu.2013.00291.

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Múltiples genes relacionados con síndrome de Sjögren

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Numerosos genes implicados en la respuesta inmune innata y adaptativa, entre ellos IRF5–TNPO3, STAT4, IL12A y DDX6–CXCR5, han sido relacionados con el síndrome de Sjögren. Todas las variantes encontradas son comentadas en Lessard CJ, Li H, Adrianto I, Ice JA, Rasmussen A, Grundahl KM et al. Variants at multiple loci implicated in both innate and adaptive immune responses are associated with Sjögren’s syndrome. Nature Genetics 2013; doi:10.1038/ng.2792.

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Bioinformática identifica anticuerpos anti-vih

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A partir de métodos bioinformáticos y secuencias transcritas de linfocitos B, se han identificado cadenas pesadas y ligeras que podrían formar anticuerpos funcionales con capacidad de neutralizar al VIH-1. El procedimiento y sus resultados pueden ser revisados en Zhu J, Wu X, Zhang B, McKee K, O’Dell S, Soto C, et al. De novo identification of VRC01 class HIV-1–neutralizing antibodies by next-generation sequencing of B-cell transcripts. PNAS October 8, 2013, doi: 10.1073/pnas.1306262110.

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Genómica y autoinmunidad

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Las tecnologías genómicas han abierto oportunidades para la mejor comprensión de las enfermedades autoinmunes, así como la predicción del riesgo, su diagnóstico, pronóstico y prevención. Los retos y perspectivas de ese campo son abordadas en Castiblanco J, Arcos-Burgos M, Anaya JM. What is next after the genes for autoimmunity? BMC Medicine 2013;11:197.

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Similitudes entre cepas de influenza durante treinta años

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Con el uso de EpiMatrix, un algoritmo computacional que predice la inmunogenicidad, se indentificaron secuencias compartidas entre cepas del virus de la influenza que han circulado entre los años 1980 y 2011. La capacidad de tales péptidos para inducir la producción de interferón gamma es presentada en Moise L, Terry F, Ardito M, Tassone R, Latimer H, Boyle C et al. Universal H1N1 influenza vaccine development: Identification of consensus class II hemagglutinin and neuraminidase epitopes derived from strains circulating between 1980 and 2011. Landes Bioscience July 2013;9(7).

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Genómica diferencia inflamación entre ratón y humano

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Los genes que se activan en las respuestas inflamatorias no tienen una alta correspondencia entre los ratones y los humanos. Este hecho cuestiona la pertinencia de los estudios en modelos animales, en opinión de los autores del artículo Seok J, Warren HS, Cuenca AG, Mindrinos MN, Baker HV, Xu W et al. Genomic responses in mouse models poorly mimic human inflammatory diseases. PNAS 2013;110(9):3507-3512.

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Predicen unión antígeno-anticuerpo

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El análisis estructural de los complejos antígeno-anticuerpo permite predecir las regiones que interactuarán en el reconocimiento de los péptidos extraños y puede conducir al desarrollo de nuevos fármacos. Tales son las conclusiones de Burkovitz A et al. Computational Identification of Antigen-Binding Antibody Fragments. The Journal of Immunology 2013;190(5):2327-2334.

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