El análisis bioinformático de los genes inducidos por condiciones de hipoxia mantenida en cepas de Mycobacterium tuberculosis reveló cinco nuevas proteínas inmunodominantes, relacionadas con una mayor producción de interferón gamma. Puede consultar el resumen publicado en The Journal of Immunology 2012;189(12):5867-5876.
La generación de una red metabólica a escala genómica de Neisseria meningitidis es una herramienta útil para identificar los genes esenciales en su metabolismo durante la infección y en los estudios in vitro. Un reporte al respecto aparece en Genome Biology.
Por medio de secuenciamiento de dianas de interferencia de ARN, investigadores ingleses identificaron en Trypanosoma brucei unos 50 genes relacionados con la acción de los medicamentos antiparasitarios empleados en el tratamiento de la enfermedad del sueño. Los resultados son publicados en Nature.
Las vacunas contra Streptococcus pneumoniae podrían no ser útiles a largo plazo debido a que la bacteria, a través de recombinación, reemplaza la región del genoma encargada de la síntesis de la cubierta de polisacáridos por otra de un serotipo diferente. El hallazgo ha sido divulgado en Nature Genetics.
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La creación de nuevos minigenes sintéticos a partir de la identificación de epítopes T y la modificación de su secuencia para potenciar su inmunogenicidad son aplicaciones de los algoritmos bioinformáticos disponibles en la actualidad. El empleo de estas herramientas en el desarrollo de vacunas de ADN basadas en epítopes y su evaluación preclínica contra el linfoma de células B son abordados en un artículo de revisión en Biotechnol Adv.
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Los anticuerpos contra el factor VIII de la coagulación reducen el efecto terapéutico de esta sustancia en pacientes con hemofilia A. Por medio de algoritmos inmunoinformáticos se identificaron epítopes en el dominio C2, así como las mutaciones que reducen su inmunogenicidad. Esta estrategia es empleada para producir una molécula con actividad clínica mejorada, de acuerdo con un trabajo en Clin Immunol.
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A partir del genoma de siete cepas de Helicobacter pylori de todo el mundo, y mediante la aplicación de métodos computacionales, se identificaron péptidos de nueve residuos de extensión (nonámeros) idénticos entre todas las cepas y que ocupan la misma posición en la proteína nativa. Aquellos con mayor afinidad por haplotipos HLA-II de amplia distribución mundial podrían ser candidatos para una vacuna contra la bacteria, de acuerdo con un trabajo en Immunome Research.
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Un método in vitro libre de células basado en un conjunto de proteasas incubadas con HLA DRB1*0101, HLA-DM y antígenos nativos, combinado con espectrometría de masa para la identificación de epítopes T inmunodominantes, fue comparado con el algoritmo EpiMatrix. El método computacional tuvo un rendimiento similar, además de analizar más rápida y económicamente una mayor cantidad de alelos HLA y cubrir, por tanto, una mejor representación de la población humana. El reporte aparece en Immunome Research.
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Las bacterias intracelulares Burkholderia son consideradas agentes de potencial uso en bioterrorismo. Por medio de los algoritmos EpiMatrix, ClustiMer y EpiAssembler se procesaron 31 genomas disponibles de especies de Burkholderia y se obtuvieron 2880 secuencias inmunogénicas altamente conservadas, el 82,9% de las cuales se unieron in vitro a al menos tres alelos HLA-II. Se espera que los ensayos en animales conduzcan a una vacuna contra estos patógenos, según los autores de un artículo en Immunome Research.
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11 secuencias proteicas de aislamientos en Indonesia del virus influenza A H5N1 fueron empleadas para identificar epítopes T con afinidad para tipos de HLA de esa región, con el uso de los algoritmos NetCTLpan, IEDBann y netMHCann. Para la mayoría no se encontró similitud en humanos que condicionara el riesgo de autoinmunidad inducida por la inmunización. 18 péptidos resultaron los mejores candidatos para una vacuna protectora en ese país y para otros grupos étnicos. Acceda al resumen en Immunome Research.
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A partir de un método computacional que analizó la secuencia de aminoácidos de los virus de gripe estacional y pandémico del 2009, investigadores israelíes han identificado unas diez posiciones en la proteína hemaglutinina que alteran los sitios antigénicos y comprometen severamente la capacidad del sistema inmune de responder al virus. A partir de estos resultados podrían diseñarse nuevos antivirales y mejores vacunas para enfrentar nuevas epidemias, según el reporte en PNAS.
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Por métodos inmunoinformáticos se ha caracterizado la estructura antigénica del sapovirus humano, uno de los principales agentes etiológicos de gastroentiritis viral. La proteína VP1 de la cápside contiene al menos cinco epítopes T en una región que comparte epítopes B, conservados en todos los serotipos existentes y generados por fragmentación proteasómica. Estos segmentos podrían ser útiles en el diseño de una vacuna de subunidades basada en péptidos para generar una inmunidad tanto humoral como celular. Acceda al resumen en Int J Bioinform Res Appl.
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