La infección por zika en células neurales progenitoras tiene efectos más amplios sobre la expresión de genes implicados en la replicación y reparación del ADN, entre ellos p53. Estos y otros hallazgos son descritos en Zhang F, Hammack C, Ogden SC, Cheng Y, Lee EM, Wen Z, et al. Molecular signatures associated with ZIKV exposure in human cortical neural progenitors. Nucl. Acids Res. 2016; doi: 10.1093/nar/gkw765.
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Un incremento de la tercera parte de los datos, con relación a 2015, es el resultado de la reciente actualización de The Comparative Toxicogenomics Database, especializada en las interacciones entre las sustancias químicas y los productos génicos. Sus avances son comentados en Davis AP, Grondin CJ, Johnson RJ, Sciaky D, King BL, McMorran R, et al. The Comparative Toxicogenomics Database: update 2017. Nucl. Acids Res. 2016; doi: 10.1093/nar/gkw838.
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El viroma o población viral del planeta es más amplio, diverso y complejo de lo que se pensaba. Un abarcador estudio en busca de secuencias virales ha duplicado el número de especies microbianas infectadas por estos agentes y ha identificado el más grande fago hasta ahora. Otros hallazgos son comentados en Paez-Espino D, Eloe-Fadrosh EA, Pavlopoulos GA, Thomas AD, Huntemann M, Mikhailova N, et al. Uncovering Earth’s virome. Nature 25 August 2016;536(425–430).
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La agencia aeroespacial de Estados Unidos (NASA por sus siglas en inglés) ha anunciado que la tripulación de la Estación Espacial Internacional ha realizado sus primeros experimentos de secuenciación, aunque las muestras fueron preparadas en tierra para evitar los problemas que genera la ingravidez. Así se divulga en una nota de la NASA.
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Los artículos originales relacionados con nuevas asociaciones genéticas son:
– Shaffer JR, Orlova E, Lee MK, Leslie EJ, Raffensperger ZD, Heike CL, et al. Genome-Wide Association Study Reveals Multiple Loci Influencing Normal Human Facial Morphology. PLOS Genetics, 2016;12(8):e1006149.
– Pirastu N, Kooyman M, Robino A, van der Spek A, Navarini L, Amin N, et al. Non-additive genome-wide association scan reveals a new gene associated with habitual coffee consumption. Scientific Reports, 2016;6:31590.
– Brew O, Sullivan MHF, Woodman A. Comparison of Normal and Pre-Eclamptic Placental Gene Expression: A Systematic Review with Meta-Analysis. PLoS ONE 2016;11(8):e0161504.
– Chahal HS, Wu W, Ransohoff KJ, Yang L, Hedlin H, Desai M, et al. Genome-wide association study identifies 14 novel risk alleles associated with basal cell carcinoma. Nature Communications 2016;7:12510.
– Zhou Q, Yu X, Demirkaya E, Deuitch N, Stone D, Tsai WL, et al. Biallelic hypomorphic mutations in a linear deubiquitinase define otulipenia, an early-onset autoinflammatory disease. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2016; DOI: 10.1073/pnas.1612594113.
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Una variante de Salmonella enteritidis relacionada con gastroenteritis y otras dos, ubicadas sobre todo en África, responsables de infección resistente a múltiples drogas y con capacidad de diseminación sanguínea, han sido identificadas por secuenciación del genoma completo de cientos de muestras. Lea al respecto en Feasey NA, Hadfield J, Keddy KH, Dallman TJ, Jacobs J, Deng X, et al. Distinct Salmonella Enteritidis lineages associated with enterocolitis in high-income settings and invasive disease in low-income settings. Nature Genetics 2016; doi:10.1038/ng.3644.
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Menor toxicidad, baja formación de inserciones y deleciones y mejor eficiencia con los atributos de una nueva metodología para la edición del genoma que se ha ensayado en bacterias y levaduras. El resumen de la presentación y resultados de la nueva propuesta puede consultarse en Nishida K, Arazoe Y, Yachie N, Banno S, Kakimoto M, Tabata M, et al. Targeted nucleotide editing using hybrid prokaryotic and vertebrate adaptive immune systems. Science, 2016; DOI: 10.1126/science.aaf8729.
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La localización pulmonar y los efectos de la edad sobre las poblaciones bacterianas específicas son estudiados en:
– Yu G, Gail MH, Consonni D, Carugno M, Humphrys M, Pesatori AC, et al. Characterizing human lung tissue microbiota and its relationship to epidemiological and clinical features. Genome Biology 2016;17:163.
– Odamaki T, Kato K, Sugahara H, Hashikura N, Takahashi S, Xiao J, et al. Age-related changes in gut microbiota composition from newborn to centenarian: a cross-sectional study. BMC Microbiology 2016;16:90.
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La emergencia y diseminación de una cepa de estafilococo dorado resistente a meticilina, así como su asociación a las prácticas de uso de antibióticos, son resultados del análisis de secuencias genómicas de muestras de cuatro continentes, tal como aparece en Ward MJ, Goncheva M, Richardson E, McAdam PR, Raftis E, Kearns A, et al. Identification of source and sink populations for the emergence and global spread of the East-Asia clone of community-associated MRSA. Genome Biology 2016;17:160.
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EXCAVATOR2 es el nombre de un algoritmo de descarga gratuita que mejora la detección de variantes del número de copias (CNVs en inglés) a partir de los datos obtenidos en experimentos de secuenciación del exoma. La herramienta es descrita en D’Aurizio R, Pippucci T, Tattini L, Giusti B, Pellegrini M, Magi A. Enhanced copy number variants detection from whole-exome sequencing data using EXCAVATOR2. Nucl. Acids Res. 2016; doi: 10.1093/nar/gkw695.
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Disponible la versión digital del libro "Cuba indígena hoy: rostros y ADN"
(Nota en CubaDebate)
