Biología de sistemas

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Por medio de la espectrometría de masa se ha revelado una red de 23744 interacciones entre 7668 proteínas en una línea celular, la mayoría de ellas no documentadas hasta ahora. Algunas aplicaciones médicas de este resultado son comentadas en Huttlin EL, Ting L, Bruckner RJ, Gebreab F, Gygi MP, Szpyt J, et al. The BioPlex Network: A Systematic Exploration of the Human Interactome. Cell 16 July 2015;162(2):425–440.

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La identificación, por métodos bioinformáticos, de los factores de transcripción que regulan la expresión de los interferones de tipo I, podría conducir a nuevas terapias para las infecciones virales y las enfermedades autoinmunes. Así se concluye en Feng D, Barnes BJ. Bioinformatics analysis of the factors controlling type I IFN gene expression in autoimmune disease and virus-induced immunity. Front. Immunol. 2013;4:291. doi: 10.3389/fimmu.2013.00291.

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El empleo de las tecnologías genómicas para el estudio de la metilación parcial de dominios en la placenta humana a término ha revelado la existencia de genes con funciones tisulares específicas. Algunas implicaciones para el desarrollo fetal y la tumorigénesis son discutidas en Schroeder DI, Blaird JD, Lott P, Yu HOK, Hong D, Crary F et al. The human placenta methylome. PNAS March 25, 2013 , doi: 10.1073/pnas.1215145110.

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Un enfoque integrador que combinó proteómica, genómica y otras metodologías, ha identificado genes implicados en la producción de los interferones de tipo I. Las proteínas ABCF1 y CDC37 resultaron críticas en la modulación de la respuesta inmune innata a la infección por retrovirus. El texto completo del artículo está disponible en Nature Immunology 2012 23 December.

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La Universidad de Stanford ha creado un nuevo centro de investigaciones sobre genómica que promoverá la colaboración entre sus siete facultades y aprovechará nuevas tecnologías computacionales. Entre las áreas a ser abordadas están la paleoantropología, la genética poblacional, la agricultura y la biomedicina. Lea la nota publicada por la propia universidad.

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GEM (del inglés Genomic Multitool) es una novedosa aplicación para la interpretación de datos derivados del genoma, con mayor velocidad y precisión que las empleadas en la actualidad. Desarrollado en Barcelona por investigadores españoles e italianos, GEM puede ser ajustado a los requisitos de cada experimento. Su descripción y resultados aparecen en Nature Methods 2012 Oct 28.

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Con el empleo de técnicas de aprendizaje automático y minería de datos, científicos españoles compararon los niveles de expresión de genes entre dos regiones del hipocampo en pacientes con la enfermedad de Alzheimer. Entre los principales hallazgos se cuentan la desregulación de genes como BTRC, relacionado con trastornos del sueño, así como del gen S100A10, vinculado a receptores de serotonina y síntomas neuropsiquiátricos en estos enfermos. El resumen del trabajo aparece en Computer Methods and Programs in Biomedicine 2012;108(1):442.

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Un modelo virtual del ciclo celular del patógeno humano Mycoplasma genitalium incluye todos sus componentes e interacciones moleculares y reproduce los procesos fundamentales del agente. Se encontraron peculiaridades aún no dilucidadas, como las tasas de asociación proteína-ADN y otros parámetros cinéticos del metabolismo celular. El reporte aparece en Cell 2012;150(2):389–401, revista que también publica un editorial al respecto.

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Las cepas B y K-12 de E. coli han sido comparadas exhaustivamente por medio del análisis de sus genomas, transcriptomas, proteomas y fenomas. Los resultados han sugerido que E. coli B está bien capacitada para la producción de proteínas recombinantes, por la carencia de flagelos y menos proteasas. E. coli K-12, en cambio, tiene una mayor expresión de proteínas de choque térmico y es menos susceptible a ciertas condiciones de estrés. Puede acceder al trabajo en Genome Biology 2012, 13:R37.

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El objetivo inicial de encontrar las enzimas que se unen al ARN, en un proyecto del Laboratorio Europeo de Biología Molecular, culminó en el descubrimiento de 300 nuevas proteínas con esa misma afinidad. De ellas, alrededor de 50 moléculas participan en su forma mutada en enfermedades como diabetes mellitus, glaucoma, cáncer de próstata y tumores malignos de páncreas. El resumen del reporte está disponible en Cell 2012;149(6):1393-1406.