Un reciente artículo revisa los enfoques computacionales para la predicción de epítopes que puedan ser útiles en la inmunoterapia del cáncer. Las herramientas disponibles asisten en el diseño de minigenes sintéticos y permiten la modificación de la secuencia para potenciar la inmunogenicidad de los candidatos vacunales. El trabajo ejemplifica tales posibilidades en las vacunas para el linfoma de células B y está disponible en Biotechnol Adv.
La aplicación de las tecnologías ómicas ha dejado de ser potencial y son ya una realidad en el campo de las vacunas para la tuberculosis y el cáncer. La vaccinómica, que integra la inmunogenética, la inmunogenómica, la inmunoproteómica y la inmunología básica con la transcriptómica y otras tecnologías, permite además la individualización de las terapias, el desarrollo de nuevos marcadores diagnósticos y la definición de indicadores de respuesta. Lea una revisión sobre el tema en OMICS y otra en Enferm Infecc Microbiol Clin.
Filed under Bioinformática, Biología de sistemas, Cáncer, Diagnóstico, Farmacogenómica, Inmunoinformática, Patógenos, Tratamientos by on . 
CREST (del inglés Clipping Reveals Structure) es un algoritmo para determinar las aberraciones cromosómicas que se relacionan con el cáncer y ha sido desarrollado como parte de un proyecto para el estudio del genoma de los tumores malignos en edad pediátrica. CREST identificó 89 nuevas diferencias estructurales en cinco pacientes con leucemia linfoblástica aguda tipo T y 50 variaciones en células de melanoma. Acceda al artículo en Nature Methods.
Filed under Algoritmos, Biología de sistemas, Cáncer, Diagnóstico by on . Comment.
El secuenciamiento del exoma en un paciente con leucemia de células peludas identificó una variante de la mutación BRAF, denominada mutación V600E, que luego fue confirmada en otros 47 casos con la enfermedad. Hoy están en ensayo clínico inhibidores de BRAF, como vemurafenib (PLX4032), para el tratamiento del melanoma, por lo que la transición clínica podría ser rápida. Puede leer el artículo completo en NEJM.
Filed under Cáncer, Diagnóstico, Tratamientos by on . Comment.
El Catálogo de Mutaciones Somáticas en el Cáncer (COSMIC por sus siglas en inglés) ha incluido en su más reciente actualización la curación completa de los genes IKZF1, PIK3R1, PAX5 y 11 nuevos pares de fusión. De ese modo el número de genes relacionados con el cáncer se eleva a 98 y a un total de 11 111 las mutaciones identificadas en 19439 genes. Dos interesantes recursos están asimismo disponibles: el Censo de Genes de Cáncer (una lista de genes implicados en la promoción maligna) y el Análisis del Número de Copias en Cáncer (sobre las ganancias y pérdidas de contenido genómico).
Filed under Bases de datos, Cáncer, Diagnóstico, Genómica by on . Comment.
La modelación computacional de la estructura e interacciones de la proteína p21 permite complementar los experimentos bioquímicos y biofísicos acerca de sus funciones. Se trata de una proteína intrínsecamente desordenada, sin una estructura tridimensional definida, con funciones como kinasa dependiente de ciclina y reguladora de la división celular en eucariotas. Lea el artículo completo en Nature Chemical Biology.
Filed under Algoritmos, Biología sintética, Cáncer by on . Comment.
La interleucina 6 (IL-6) es un mediador en las respuestas inmunes cuya sobreproducción ha sido documentada en el cáncer de mama y de próstata. Investigadores estadounidenses han empleado un cluster de computadoras del Centro de Supercomputadoras de Ohio para diseñar un fármaco que bloquee la acción de IL-6. Se modeló el complejo molecular formado por la IL-6, su receptor (IL-6R) y la molécula señalizadora (gp130), y con los software AMBER (Assisted Model Building with Energy Refinement) y AutoDock se definieron las interacciones entre ellos. La simulación incorporó pequeñas moléculas para inhibir la formación del complejo IL-6/IL-6R/gp130 e identificaron el mejor sitio para lograrlo entre la IL-6 y el dominio D1 de gp130. Están en desarrollo varios candidatos que podrían ser de utilidad para interferir el papel de la IL-6 en el cáncer.
Filed under Biología sintética, Cáncer by on . Comment.
La combinación de espectrometría de masa, proteómica y análisis matemáticos han permitido construir una visión sistémica de los eventos de señalización en el interior de células cancerosas, lo que conduciría a nuevos métodos para el diagnóstico tumoral y vencer la resistencia a los medicamentos. El procedimiento ha sido aplicado al estudio de las leucemias con la mutación BCR-ABL y la emergencia de resistencia al fármaco Gleevec. Acceda al trabajo en Science Signaling.
Filed under Algoritmos, Cáncer, Diagnóstico, Farmacogenómica, Medicina personalizada by on . Comment.
El secuenciamiento masivo del genoma de mielomas múltiples en 38 pacientes ha revelado nuevos genes, mutaciones y vías implicados en diversos procesos de la patogénesis de este tipo tumoral: procesamiento del ARN, síntesis de proteínas, metilación de histonas y coagulación sanguínea. Los genes DIS3 y FAM46C son importantes en la estabildidad del ARN, mientras que las mutaciones en BRAF por primera vez han sido descritas en un pequeño número de casos con mieloma. Lea el resumen en Nature.
Filed under Cáncer, Diagnóstico, Genómica, Medicina personalizada by on . Comment.
El Catálogo de Mutaciones Somáticas en el Cáncer (en inglés, Catalogue Of Somatic Mutations In Cancer, COSMIC) es un recurso de acceso libre desarrollado por el Instituto Sanger. La versión 52 acaba de ser lanzada y tiene entre sus novedades la incorporación de cuatro nuevos genes, 16 nuevos pares de fusión y del proyecto Genomics of Drug Sensitivity in Cancer. En este último se ha incluido la acción del fármaco PLX4720 sobre el crecimiento de las células que portan la mutación BRAF.
Filed under Bases de datos, Cáncer, Diagnóstico, Farmacogenómica, Medicina personalizada, Polimorfismos by on . Comment.
