El diagnóstico de una cepa de Staphylococcus aureus resistente a meticilina como agente causal de un brote en una unidad de cuidados especiales pediátricos, fue posible gracias a la utilización de las tecnologías de secuenciación. Por primera vez, el análisis genómico permitió el control del brote y la identificación del portador. El caso es descrito en The Lancet Infectious Diseases 2012 Nov 9:S1473-3099(12)70268-2.
Cronobacter es un género bacteriano agresivo que ha sido descubierto recientemente en relación con los alimentos, materiales sanitarios y el ambiente; es causa de muerte, daño cerebral, meningitis o enterocolitis necrotizante en recién nacidos. Fueron secuenciadas cepas de siete especies y muchos de sus genes caracterizados, lo que significa un paso importante en el conocimiento del germen, y una oportunidad para mejorar el diagnóstico y su tratamiento. Puede leer al respecto en PLoS One. 2012;7(11):e49455.
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Un modelo virtual del ciclo celular del patógeno humano Mycoplasma genitalium incluye todos sus componentes e interacciones moleculares y reproduce los procesos fundamentales del agente. Se encontraron peculiaridades aún no dilucidadas, como las tasas de asociación proteína-ADN y otros parámetros cinéticos del metabolismo celular. El reporte aparece en Cell 2012;150(2):389–401, revista que también publica un editorial al respecto.
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La comparación de la expresión de genes en las mejores y peores condiciones clínicas de la enfermedad en un individuo puede ser clave para identificar genes de resistencia o susceptibilidad. Este enfoque fue aplicado a la fibrosis quística y reveló el papel de variantes raras del gen DCTN4 en infecciones crónicas por Pseudomonas aeruginosa. Puede acceder al trabajo en Nature Genetics 2012;44:886–889.
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El re-secuenciamiento de diez líneas cultivadas del protozoario Entamoeba histolytica ha mostrado un bajo nivel de diversidad en su genoma, a pesar de grandes diferencias en el contenido de las familias de genes y del número de copias. El patrón de polimorfismos ha sugerido la posibilidad de reproducción sexual en este parásito, lo que nunca se ha comprobado. Lea el artículo completo en Genome Biology 2012, 13:R38.
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Las cepas B y K-12 de E. coli han sido comparadas exhaustivamente por medio del análisis de sus genomas, transcriptomas, proteomas y fenomas. Los resultados han sugerido que E. coli B está bien capacitada para la producción de proteínas recombinantes, por la carencia de flagelos y menos proteasas. E. coli K-12, en cambio, tiene una mayor expresión de proteínas de choque térmico y es menos susceptible a ciertas condiciones de estrés. Puede acceder al trabajo en Genome Biology 2012, 13:R37.
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El empleo de la secuenciación profunda (en inglés, deep sequencing) para relacionar estructura y función, ha permitido el diseño de pequeñas proteínas que inhiben el ciclo patogénico del virus de la influenza. Los nuevos antivirales en desarrollo tienen una alta afinidad y son de amplio espectro, en términos del número de cepas al que pueden afectar, incluyendo la influenza pandémica A H1N1. Revise el texto completo del artículo en Nature Biotechnology 2012;30:543-548.
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La generación de una red metabólica a escala genómica de Neisseria meningitidis es una herramienta útil para identificar los genes esenciales en su metabolismo durante la infección y en los estudios in vitro. Un reporte al respecto aparece en Genome Biology.
Por medio de secuenciamiento de dianas de interferencia de ARN, investigadores ingleses identificaron en Trypanosoma brucei unos 50 genes relacionados con la acción de los medicamentos antiparasitarios empleados en el tratamiento de la enfermedad del sueño. Los resultados son publicados en Nature.
Las vacunas contra Streptococcus pneumoniae podrían no ser útiles a largo plazo debido a que la bacteria, a través de recombinación, reemplaza la región del genoma encargada de la síntesis de la cubierta de polisacáridos por otra de un serotipo diferente. El hallazgo ha sido divulgado en Nature Genetics.
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Los genomas de tres especies de cocodrilos (americano, de agua salada e indio) serán secuenciados por el Grupo de Trabajo Internacional sobre Genomas de Cocodrilos. El estado de esos proyectos son comentados en Genome Biology. Asimismo, curiosamente 160 años después de su descubrimiento, se ha publicado la secuencia completa y el transcriptoma de Schistosoma haematobium, un parásito que ha sido asociado al cáncer de vejiga. Lea un comentario en Nature Genetics.
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El secuenciamiento del genoma completo de dos cepas de Streptococcus pneumoniae resistentes a la penicilina mostró seis genes mutados, tres de ellos relacionados con proteínas de unión al antibiótico. Sin embargo, la mutación en otra molécula, la permeasa de hierro spr1178, redujo la acumulación de especies reactivas de oxígeno tras la exposición a varias sustancias bactericidas. El estudio genómico aportó la descripción de nuevos determinantes de resistencia en este frecuente patógeno, según aparece en Genome Biology.
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