A partir del genoma de siete cepas de Helicobacter pylori de todo el mundo, y mediante la aplicación de métodos computacionales, se identificaron péptidos de nueve residuos de extensión (nonámeros) idénticos entre todas las cepas y que ocupan la misma posición en la proteína nativa. Aquellos con mayor afinidad por haplotipos HLA-II de amplia distribución mundial podrían ser candidatos para una vacuna contra la bacteria, de acuerdo con un trabajo en Immunome Research.
Las bacterias intracelulares Burkholderia son consideradas agentes de potencial uso en bioterrorismo. Por medio de los algoritmos EpiMatrix, ClustiMer y EpiAssembler se procesaron 31 genomas disponibles de especies de Burkholderia y se obtuvieron 2880 secuencias inmunogénicas altamente conservadas, el 82,9% de las cuales se unieron in vitro a al menos tres alelos HLA-II. Se espera que los ensayos en animales conduzcan a una vacuna contra estos patógenos, según los autores de un artículo en Immunome Research.
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11 secuencias proteicas de aislamientos en Indonesia del virus influenza A H5N1 fueron empleadas para identificar epítopes T con afinidad para tipos de HLA de esa región, con el uso de los algoritmos NetCTLpan, IEDBann y netMHCann. Para la mayoría no se encontró similitud en humanos que condicionara el riesgo de autoinmunidad inducida por la inmunización. 18 péptidos resultaron los mejores candidatos para una vacuna protectora en ese país y para otros grupos étnicos. Acceda al resumen en Immunome Research.
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El secuenciamiento de los genomas de 112 aislamientos de la bacteria Burkholderia dolosa en 14 pacientes con fibrosis quística permitió identificar los patrones recurrentes de mutaciones y localizar los genes con relevancia para la patogenia. 17 genes bacterianos adquirieron mutaciones no sinónimas en múltiples individuos, lo que indica una evolución adaptativa paralela. Algunos de los genes se relacionan con la resistencia a antibióticos, composición de la membrana y regulación dependiente del oxígeno. Lea sobre estos hallazgos en Nature Genetics.
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En un taller realizado en Bruselas varias agencias de seguridad alimentaria y sanitarias concordaron en que el secuenciamiento de próxima generación (en inglés next-generation sequencing) será la tecnología de elección para monitorear los brotes de patógenos a escala global. Se espera que en una década los laboratorios de microbiología clínica dispongan de un secuenciador de ADN para el uso diario y los costos de un genoma bacteriano completo se hayan reducido a menos de $138. El mayor reto será la creación y mantenimiento de las bases de datos donde almacenar la información obtenida.
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Investigadores chinos han obtenido la copia de trabajo del genoma del Ascaris suum, lo que abre el camino para el desarrollo de fármacos, vacunas y ensayos diagnóstico para el control de este parásito y otros nemátodos. Se estima que su genoma tiene un tamaño de 273 Mb y unos 18500 genes codificadores. Se encontró un candidato terapéutico (acr-23) con capacidad para destruir al A. suum. El artículo original aparece en Nature.
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El genoma completo de la cepa de Yersinia pestis que asoló Europa entre 1347 y 1351 ha sido secuenciado por investigadores canadienses, alemanes y estadounidenses. Las muestras empleadas fueron obtenidas y enriquecidas a partir de los restos de cinco víctimas de la epidemia que aniquiló a unos 50 millones de personas en el viejo continente. Se espera entender la evolución de este patógeno y los cambios en su virulencia, según se lee en Nature.
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A partir de un método computacional que analizó la secuencia de aminoácidos de los virus de gripe estacional y pandémico del 2009, investigadores israelíes han identificado unas diez posiciones en la proteína hemaglutinina que alteran los sitios antigénicos y comprometen severamente la capacidad del sistema inmune de responder al virus. A partir de estos resultados podrían diseñarse nuevos antivirales y mejores vacunas para enfrentar nuevas epidemias, según el reporte en PNAS.
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Un microarray de ADN de alta definición de parte del genoma de la cepa 3D7 de Plasmodium falciparum ha permitido identificar una nueva familia de ARN largos no codificadores (lncRNA, por sus siglas en inglés) asociados a los telómeros en al menos 15 extremos de cromosomas diferentes. Los loci de estas moléculas se expresan de manera coordinada durante la replicación del ADN del parásito y se supone jueguen un papel importante en el mantenimiento de los telómeros, la regulación de los genes de virulencia y otros procesos. El descubrimiento ha sido publicado en Genome Biology.
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Por métodos inmunoinformáticos se ha caracterizado la estructura antigénica del sapovirus humano, uno de los principales agentes etiológicos de gastroentiritis viral. La proteína VP1 de la cápside contiene al menos cinco epítopes T en una región que comparte epítopes B, conservados en todos los serotipos existentes y generados por fragmentación proteasómica. Estos segmentos podrían ser útiles en el diseño de una vacuna de subunidades basada en péptidos para generar una inmunidad tanto humoral como celular. Acceda al resumen en Int J Bioinform Res Appl.
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