Algoritmos

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Family Genome Browser es una aplicación bioinformática que permite visualizar genomas de familias y determinar orígenes paternales, mutaciones de novo, eventos de recombinación, entre otras ventajas. Sus caracteristicas son descritas en Juan L, Liu Y, Wang Y, Teng M, Zang T, Wang Y. Family Genome Browser: Visualizing Genomes with Pedigree Information. Bioinformatics 2015; doi: 10.1093/bioinformatics/btv151.

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La inclusión de un parámetro adicional en un nuevo modelo que incrementa la capacidad para definir la asociación en los estudios de genoma completo, selecciona la mejor combinación entre los algoritmos de parentesco y agrupación. La nueva propuesta es descrita en Li M, Liu X, Bradbury P, Yu J, Zhang Y-M, Todhunter RJ, et al. Enrichment of statistical power for genome-wide association studies. BMC Biology 2014;12:73.

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DFLAT (Developmental FunctionaL Annotation at Tufts) es un proyecto para registrar y analizar la expresión de los genes en la etapa fetal, incluidos aquellos provenientes de muestras afectadas por trisomías 21 y 18, de sangre de cordón y de recién nacidos con displasia pulmonar. Es descrito en Wick HC, Drabkin H, Ngu H, Sackman M, Fournier C, Haggett J, et al. DFLAT: functional annotation for human development. BMC Bioinformatics 2014;15:45.

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Web Apollo es un nuevo editor de genomas que puede emplearse con los principales navegadores de internet para hacer anotaciones en línea en tiempo real. Sus características son presentadas en Lee E, Helt G, Reese J, Munoz-Torres MC, Childers C, Buels RM, et al. Web Apollo: a web-based genomic annotation editing platform. Genome Biology 2013;14:R93.

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DrGaP se apoya en poderosos métodos estadísticos y algoritmos bioinformáticos para revelar las mutaciones y vías de señalización con un papel clave en los procesos de malignización. El resumen de su descripción puede ser consultado en Hua X, Xu H, Yang Y, Zhu J, Liu P, Lu Y. DrGaP: A Powerful Tool for Identifying Driver Genes and Pathways in Cancer Sequencing Studies. The American Journal of Human Genetics 2013;93(3):439-451.

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PhyloPhlAn es una aplicación bioinformática para el análisis filogenético y taxonómico que emplea más de 400 proteínas a partir de 3737 genomas microbianos. De código abierto, es presentado en Segata N, Börnigen N, Morgan XC, Huttenhower C. PhyloPhlAn is a new method for improved phylogenetic and taxonomic placement of microbes. Nature Communications 14 August 2013; doi:10.1038/ncomms3304.

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La evaluación virtual de la actividad anabólica de 269 esteroides y la simulación computacional de su interacción con el receptor androgénico humano permitieron identificar las propiedades que favorecen la mejor actividad anabólica, según Alvarez-Ginarte YM, Montero-Cabrera LA, García-de la Vega JM, Bencomo-Martínez A, Pupo A, Agramonte-Delgado A, et al. Integration of ligand and structure-based virtual screening for identification of leading anabolic steroids. J Steroid Biochem Mol Biol. 2013 Jul 18; doi: 10.1016/j.jsbmb.2013.07.004.

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Investigadores de la Universidad Central Marta Abreu de Las Villas participaron en una investigación para la caracterización de los dominios de adenilación de las sintetasas no ribosomales de cianobacterias, disponible en Agüero-Chapin G, Molina-Ruiz R, Maldonado E, de la Riva G, Sánchez-Rodríguez A, Vasconcelos V, et al. Exploring the adenylation domain repertoire of nonribosomal Peptide synthetases using an ensemble of sequence-search methods. PLoS One. 2013 Jul 16;8(7):e65926.

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Java BioWareHouse (JBioWH) es una herramienta creada por investigadores cubanos y de otros países, que permite recuperar datos de bases como NCBI, KEGG, así como analizar resultados de experimentos de alto flujo, entre otras aplicaciones. JBioWH es descrita en Vera R, Perez-Rivero Y, Perez S, Ligeti B, Kertész-Farkas A, Pongor S. JBioWH: an open-source Java framework for bioinformatics data integration. Database 2013:bat051, doi: 10.1093/database/bat051.