Algoritmos

Un método in vitro libre de células basado en un conjunto de proteasas incubadas con HLA DRB1*0101, HLA-DM y antígenos nativos, combinado con espectrometría de masa para la identificación de epítopes T inmunodominantes, fue comparado con el algoritmo EpiMatrix. El método computacional tuvo un rendimiento similar, además de analizar más rápida y económicamente una mayor cantidad de alelos HLA y cubrir, por tanto, una mejor representación de la población humana. El reporte aparece en Immunome Research.

Las bacterias intracelulares Burkholderia son consideradas agentes de potencial uso en bioterrorismo. Por medio de los algoritmos EpiMatrix, ClustiMer y EpiAssembler se procesaron 31 genomas disponibles de especies de Burkholderia y se obtuvieron 2880 secuencias inmunogénicas altamente conservadas, el 82,9% de las cuales se unieron in vitro a al menos tres alelos HLA-II. Se espera que los ensayos en animales conduzcan a una vacuna contra estos patógenos, según los autores de un artículo en Immunome Research.

11 secuencias proteicas de aislamientos en Indonesia del virus influenza A H5N1 fueron empleadas para identificar epítopes T con afinidad para tipos de HLA de esa región, con el uso de los algoritmos NetCTLpan, IEDBann y netMHCann. Para la mayoría no se encontró similitud en humanos que condicionara el riesgo de autoinmunidad inducida por la inmunización. 18 péptidos resultaron los mejores candidatos para una vacuna protectora en ese país y para otros grupos étnicos. Acceda al resumen en Immunome Research.

Un algoritmo que infiere qué partes de una proteína interactúan para determinar su forma tridimensional es la base para predecir la estructura de una molécula solo a partir de la secuencia de nucleótidos. El método, que emplea el principio de entropía máxima de la física estadística, ha sido empleado exitosamente en proteínas de la familia Ras, según se muestra en un reporte en PLoS ONE.

El volumen y la diversidad crecientes de datos generados por las tecnologías genómicas requiere del desarrollo de aplicaciones para su gestión más óptima. BioConductor, elaborado en lenguaje R, es una suite con más de 460 algoritmos para analizar y anotar datos de secuencia y microarrays. Cloudman, una versión en nube de la plataforma Galaxy, podría aplicarse a los experimentos en cáncer, como ya se hace con Nimbus.

A partir de un método computacional que analizó la secuencia de aminoácidos de los virus de gripe estacional y pandémico del 2009, investigadores israelíes han identificado unas diez posiciones en la proteína hemaglutinina que alteran los sitios antigénicos y comprometen severamente la capacidad del sistema inmune de responder al virus. A partir de estos resultados podrían diseñarse nuevos antivirales y mejores vacunas para enfrentar nuevas epidemias, según el reporte en PNAS.

Las bacterias que no pueden ser cultivadas serán secuenciadas a partir de un nuevo método que permite ensamblar virtualmente un genoma completo a partir de secuencias de ADN de una sola célula bacteriana. Los programas computacionales tradicionales permiten recuperar el 70 % de los genes de una muestra, mientras que el nuevo algoritmo captura el 90 % de los genes de una célula, una mejoría notable. Acceda al trabajo en Nature Biotechnology.

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BeeSpace Navigator es un programa gratuito en línea que revisa las bases de datos de publicaciones científicas en busca de reportes de genes y sus funciones. Hace una indización semántica para apoyar la curación automática. Su nombre se debe a que el proyecto original se limitaba al genoma de la abeja, pero luego se extendió a toda la base Medline, sobre especies que van desde los insectos a los peces, cerdo y ratones. La descripción del recurso aparece en Nucleic Acids Research.

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CREST (del inglés Clipping Reveals Structure) es un algoritmo para determinar las aberraciones cromosómicas que se relacionan con el cáncer y ha sido desarrollado como parte de un proyecto para el estudio del genoma de los tumores malignos en edad pediátrica. CREST identificó 89 nuevas diferencias estructurales en cinco pacientes con leucemia linfoblástica aguda tipo T y 50 variaciones en células de melanoma. Acceda al artículo en Nature Methods.

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EhecRegNet es una base de datos y plataforma de análisis que incorpora todas las interacciones conocidas entre los genes de la E. coli entérica normal y los datos de la variante enterohemorrágica. Por medio de simulaciones integradas se podrían identificar más rápidamente los cambios genéticos patogénicos para emplearlos en el desarrollo de nuevos medicamentos para la bacteria causante de un importante brote en Europa. También se han publicado los primeros resultados de los genomas de dos de las cepas aisladas en el brote en Alemania: LB226692 y TY-2482.