The Genomic Data Commons (GDC) es una plataforma del Instituto Nacional del Cáncer y la Iniciativa Medicina de Precisión para estandarizar y facilitar el acceso a los datos de programas de investigación sobre el cáncer. La noticia está disponible aquí, al igual que el portal GDC.
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Con la reducción de los costos de la secuenciación y el incremento en la generación de datos se requiere de nuevos paradigmas para el almacenamiento y análisis de los resultados experimentales. Así opinan en Muir P, Li S, Lou S, Wang D, Spakowicz DJ, Salichos L, et al. The real cost of sequencing: scaling computation to keep pace with data generation. Genome Biology 2016;17:53.
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La progresiva reducción de los costos de la secuenciación del genoma ha provocado una explosión en la generación de datos, y una creciente demanda de los servicios bioinformáticos. Tal es el tema a debate en Muir P, Li S, Lou S, Wang D, Spakowicz DJ, Salichos L, et al. The real cost of sequencing: scaling computation to keep pace with data generation. Genome Biology 2016;17:53.
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La revista Nucleic Acids Research, como cada año, publicó desde enero su número especial Database, que actualiza sobre las nuevas o mejoradas bases de datos de información biológica. El editorial es Rigden DJ, Fernández-Suárez XM, Galperin MY. The 2016 database issue of Nucleic Acids Research and an updated molecular biology database collection. Nucleic Acids Res. 2016 Jan 4;44(D1):D1-6.
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Un comité del Colegio de Patólogos Americanos ha sugerido un marco para el desarrollo de bases de datos genómicos de orientación clínica. Sus consideraciones aparecen en Yohe SL, Carter AB, Pfeifer JD, Crawford JM, Cushman-Vokoun A, Caughron S, et al. Standards for Clinical Grade Genomic Databases. Archives of Pathology & Laboratory Medicine November 2015;139(11):1400-1412.
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Más de 5000 proteínas de las células madres pluripotenciales del ratón han sido caracterizadas con un novedoso método y sus resultados son divulgados en un recurso de acceso abierto. Puede leer al respecto en Christoforou A, Mulvey CM, Breckels LM, Geladaki A, Hurrell T, Hayward PC, et al. A draft map of the mouse pluripotent stem cell spatial proteome. Nature Communications 2016;7:9992.
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El análisis bioinformático de bases de datos metagenómicas ha revelado la existencia de un nuevo grupo de virus con similitudes a los polintovirus y los virófagos. El reporte es Yutin N, Shevchenko S, Kapitonov V, Krupovic M, Koonin EV. A novel group of diverse Polinton-like viruses discovered by metagenome analysis. BMC Biology 2015;13:95.
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La correspondencia entre dos importantes bases de datos sobre la sensibilidad a fármacos antitumorales, The Cancer Cell Line Encyclopedia y Genomics of Drug Sensitivity in Cancer, es evaluada en The Cancer Cell Line Encyclopedia Consortium, The Genomics of Drug Sensitivity in Cancer Consortium. Pharmacogenomic agreement between two cancer cell line data sets. Nature 03 December 2015;528:84–87.
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EPIPOX se relaciona con los ortopoxvirus, y es descrita en Molero-Abraham M, Glutting JP, Flower DR, Lafuente EM, Reche PA. EPIPOX: Immunoinformatic Characterization of the Shared T-Cell Epitome between Variola Virus and Related Pathogenic Orthopoxviruses. J Immunol Res. 2015;2015:738020. FluKB se enfoca en la influenza, y es reportada en Simon C, Kudahl UJ, Sun J, Olsen LR, Zhang GL, Reinherz EL, et al. FluKB: A Knowledge-Based System for Influenza Vaccine Target Discovery and Analysis of the Immunological Properties of Influenza Viruses. Journal of Immunology Research 2015;2015:380975.
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La información individual en los servidores que contienen los resultados de algunos proyectos de secuenciación de genomas humanos, no garantizan a priori la privacidad de los datos personales, de acuerdo con Shringarpure SS, Bustamante CD. Privacy Risks from Genomic Data-Sharing Beacons. Am J Hum Gen November 2015;97(5):631-646.
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Disponible la versión digital del libro "Cuba indígena hoy: rostros y ADN"
(Nota en CubaDebate)
