Bases de datos

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CAPUn comité del Colegio de Patólogos Americanos ha sugerido un marco para el desarrollo de bases de datos genómicos de orientación clínica. Sus consideraciones aparecen en Yohe SL, Carter AB, Pfeifer JD, Crawford JM, Cushman-Vokoun A, Caughron S, et al. Standards for Clinical Grade Genomic Databases. Archives of Pathology & Laboratory Medicine November 2015;139(11):1400-1412.

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PSC proteomeMás de 5000 proteínas de las células madres pluripotenciales del ratón han sido caracterizadas con un novedoso método y sus resultados son divulgados en un recurso de acceso abierto. Puede leer al respecto en Christoforou A, Mulvey CM, Breckels LM, Geladaki A, Hurrell T, Hayward PC, et al. A draft map of the mouse pluripotent stem cell spatial proteome. Nature Communications 2016;7:9992.

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Politonlike virusEl análisis bioinformático de bases de datos metagenómicas ha revelado la existencia de un nuevo grupo de virus con similitudes a los polintovirus y los virófagos. El reporte es Yutin N, Shevchenko S, Kapitonov V, Krupovic M, Koonin EV. A novel group of diverse Polinton-like viruses discovered by metagenome analysis. BMC Biology 2015;13:95.

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pgxLa correspondencia entre dos importantes bases de datos sobre la sensibilidad a fármacos antitumorales, The Cancer Cell Line Encyclopedia y Genomics of Drug Sensitivity in Cancer, es evaluada en The Cancer Cell Line Encyclopedia Consortium, The Genomics of Drug Sensitivity in Cancer Consortium. Pharmacogenomic agreement between two cancer cell line data sets. Nature 03 December 2015;528:84–87.

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flukbEPIPOX se relaciona con los ortopoxvirus, y es descrita en Molero-Abraham M, Glutting JP, Flower DR, Lafuente EM, Reche PA. EPIPOX: Immunoinformatic Characterization of the Shared T-Cell Epitome between Variola Virus and Related Pathogenic Orthopoxviruses. J Immunol Res. 2015;2015:738020. FluKB se enfoca en la influenza, y es reportada en Simon C, Kudahl UJ, Sun J, Olsen LR, Zhang GL, Reinherz EL, et al. FluKB: A Knowledge-Based System for Influenza Vaccine Target Discovery and Analysis of the Immunological Properties of Influenza Viruses. Journal of Immunology Research 2015;2015:380975.

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ToxicityLos datos de toxicidad en líneas celulares de 156 compuestos ambientales permitieron relacionar las propiedades estructurales de los productos con los resultados experimentales y perfiles genómicos. Puede consultar el reporte en Eduati F, Mangravite LM, Wang T, Tang H, Bare JC, Huang R, et al. Prediction of human population responses to toxic compounds by a collaborative competition. Nature Biotechnology 2015; doi:10.1038/nbt.3299.

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LassaLa construcción de un catálogo con secuencias de virus Lassa ha esclarecido que el contagio es fundamentalmente zoonótico y que las mutaciones afectan a epítopes de las proteínas de superficie. Puede encontrar el resumen del trabajo en Andersen KG, Shapiro BG, Matranga CB, Sealfon R, Lin AE, Moses LM, et al. Clinical Sequencing Uncovers Origins and Evolution of Lassa Virus. Cell August 2015;162(4):738–750.

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EpiFactors es una base de datos que contiene información sobre 815 proteínas con funciones en la regulación epigenética de la expresión de genes y la estabilidad del genoma. Sus características y contenidos son abordados en Medvedeva YA, Lennartsson A, Ehsani R, Kulakovskiy IV, Vorontsov IE, Panahandeh P, et al. EpiFactors: a comprehensive database of human epigenetic factors and complexes. Database (Oxford). 2015 Jul 7;2015. doi: 10.1093/database/bav067.

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El catálogo de estudios de asociación de genoma completo (genome-wide association studies, GWAS) ha pasado a ser hospedado por el Instituto Europeo de Bioinformática. La colección de asociaciones entre secuencias de ADN y rasgos humanos ha sido rediseñado para facilitar la búsqueda por profesionales de la biología y la medicina, y puede consultarse ahora aquí.