Filogenética

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El primer reporte de la circulación del virus de la influenza pandémica H1N1/2009 en rebaños de cerdos en Cuba y el análisis filogenético de tres de las cepas detectadas con el objetivo del trabajo Perez LJ, Perera CL, Frias MT, Rouseaux D, Ganges L, Nuñez JI et al. Isolation and complete genomic characterization of pandemic H1N1/2009 influenza viruses from Cuban swine herds. Research in Veterinary Science 2013;94(3):781–788.

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El análisis del ADN mitocondrial de restos de cráneos de indígenas de la etnia Botocudo, ya extinguida en Brasil, ha arrojado la presencia de haplogrupos compartidos con polinesios. Ello aporta elementos acerca de las migraciones que poblaron el continente americano, según se lee en Gonçalves VF, Stenderup J, Rodrigues-Carvalho C, Silva HP, Gonçalves-Dornelas H, Líryo A et al. Identification of Polynesian mtDNA haplogroups in remains of Botocudo Amerindians from Brazil. PNAS April 1, 2013, doi: 10.1073/pnas.1217905110.

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El genoma del celacanto, un pez que se creía extinto 70 millones de años atrás y fue “redescubierto” en 1938, ha sido secuenciado y sus principales resultados son comentados en Amemiya CT, Alföldi J, Lee AP, Fan S, Philippe H, MacCallum I et al. The African coelacanth genome provides insights into tetrapod evolution. Nature 2013;496:311–316.

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La identificación de marcadores microsatélites en el genoma del Pediculus humanus, y su comparación en muestras tomadas de 11 regiones del planeta, ha revelado que los parásitos de América Central están más estrechamente relacionados con los de Asia que con los de América del Norte. Las implicaciones epidemiológicas y antropológicas son comentadas en Ascunce MS et al. Nuclear Genetic Diversity in Human Lice (Pediculus humanus) Reveals Continental Differences and High Inbreeding among Worldwide Populations. PLoS ONE 2013;8(2):e57619.

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El análisis del genoma de 300 meningiomas, el tumor cerebral primario más común, ha permitido distinguir varios subtipos de la enfermedad y descubierto mutaciones implicadas en su génesis, que afectan a TRAF7, KLF4 y SMO. Puede acceder al resumen del reporte en Clark VE et al. Genomic Analysis of Non-NF2 Meningiomas Reveals Mutations in TRAF7, KLF4, AKT1, and SMO. Science 2013;339(6123):1077-1080.

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El análisis filogenético de polimorfismos en el cromosoma Y de afroamericanos identificó una rama ancestral extremadamente antigua, con una edad estimada de 338 000 años, lo que la ubica antes de los fósiles humanos y los linajes mitocondriales. El hallazgo es comentado en Mendez FL et al. An African American Paternal Lineage Adds an Extremely Ancient Root to the Human Y Chromosome Phylogenetic Tree. The American Journal of Human Genetics 28 February 2013, doi:10.1016/j.ajhg.2013.02.002.

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La secuenciación del genoma completo es superior a las técnicas de genotipado para investigar las epidemias de tuberculosis, en la identificación de cepas específicas, el seguimiento de la evolución de la bacteria, la vigilancia epidemiológica molecular y otras ventajas. El texto completo de un artículo que presenta tales aplicaciones puede ser consultado en Roetzer A et al. Whole Genome Sequencing versus Traditional Genotyping for Investigation of a Mycobacterium tuberculosis Outbreak: A Longitudinal Molecular Epidemiological Study. PLoS Med 2013;10(2):e1001387.

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La secuenciación del genoma de las comunidades bacterianas obtenidas de placas calcificadas en dientes antiguos ha mostrado que las bacterias cariogénicas pasaron a ser dominantes a partir de la Revolución Industrial y que los ecosistemas orales son ahora menos diversos, probablemente por los cambios en la dieta y otros estilos de vida. Lea el reporte completo en Adler CJ et al. Sequencing ancient calcified dental plaque shows changes in oral microbiota with dietary shifts of the Neolithic and Industrial revolutions. Nature Genetics 2013 doi:10.1038/ng.2536.

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La construcción de árboles filogenéticos de hantavirus, causantes de importantes zoonosis en el humano, ha conducido a la hipótesis de que estos patógenos podrían haber emergido en los murciélagos antes de establecerse en los roedores. Tal descubrimiento, y el hallazgo de cuatro nuevas cepas de estos virus, aparecen en Guo W-P et al. Phylogeny and Origins of Hantaviruses Harbored by Bats, Insectivores, and Rodents. PLoS Pathog 2013;9(2):e1003159.

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Varias muestras de aire tomadas a alturas entre ocho y diez kilómetros en la troposfera del Mar Caribe y regiones cercanas fueron caracterizadas con técnicas genómicas, tras lo cual se encontró que las bacterias constituyen el 20 % de las partículas con diámetros entre 0,25 y 1 micrómetros. Puede leer el reporte presentado en PNAS 2013 Jan 28.