Microbioma

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2016 04 09 Enterocolitis 1La secuenciación metagenómica del microbioma intestinal ha relacionado cepas de Escherichia coli uropatogénica con la enterocolitis necrotizante en los neonatos pretérminos. El reporte aparece en Ward DV, Scholz M, Zolfo M, Taft DH, Schibler KR, Tett A, et al. Metagenomic Sequencing with Strain-Level Resolution Implicates Uropathogenic E. coli in Necrotizing Enterocolitis and Mortality in Preterm Infants. Cell Reports 2016;14(12):2912–292.

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issLa secuenciación del ARNr 16s fue empleado para estudiar la diversidad microbiana en la Estación Espacial Internacional. Conozca los resultados en Checinska A, Probst AJ, Vaishampayan P, White JR, Kumar D, Stepanov VG, et al. Microbiomes of the dust particles collected from the International Space Station and Spacecraft Assembly Facilities. Microbiome 2015;3:50.

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AsthmaTécnicas de secuenciación metagenómica de ARN han identificado poblaciones bacterianas más abundantes en la cavidad nasal de niños asmáticos, en relación con controles sanos. Moraxella catarrhalis es la más representada, de acuerdo con Castro-Nallar E, Shen Y, Freishtat RJ, Pérez-Losada M, Manimaran S, Liu G, et al. Integrating microbial and host transcriptomics to characterize asthma-associated microbial communities. BMC Medical Genomics 2015;8:50.

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Las tecnologías de secuenciación, junto al intercambio de datos, podrían cambiar la vigilancia sanitaria, particularmente en lo relativo a la causalidad infecciosa y la evolución de los patógenos, de acuerdo con Gardy J, Loman NJ, Rambaut A. Real-time digital pathogen surveillance — the time is now. Genome Biology 2015;16:155.

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Los genomas de 25 hongos del género Alternaria, algunas de cuyas especies han sido asociadas a alergias respiratorias en el humano, están ahora disponibles en una base de datos que es presentada en Dang HX, Pryor B, Peever T, Lawrence CB. The Alternaria genomes database: a comprehensive resource for a fungal genus comprised of saprophytes, plant pathogens, and allergenic species. BMC Genomics 2015;16:239.

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Los kits para la extracción de ADN y otros reactivos son una fuente de contaminación frecuente en los estudios de secuenciación del microbioma. Algunas recomendaciones para mitigar los efectos indeseables de este fenómeno son propuestas en Salter SJ, Cox MJ, Turek EM, Calus ST, Cookson WO, Moffatt MF, et al. Reagent and laboratory contamination can critically impact sequence-based microbiome analyses. BMC Biology 2014;12:87.

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Muestras de placentas de más de 300 sujetos han arrojado que ese tejido contiene una población residente o microbioma, formada por las especies Firmicutes, Tenericutes, Proteobacteria, Bacteroidetes y Fusobacteria. El hallazgo es publicado en Aagaard K, Ma J, Antony KM, Ganu R, Petrosino J, Versalovic J. The Placenta Harbors a Unique Microbiome. Sci. Transl. Med. 2014;6:237ra65.