El origen del Staphyloccocus aureus resistente a la meticilina que ha infectado a personas en el Reino Unido ha sido vinculado a cepas de la bacteria que circularon entre reses. El estudio filogenético es presentado en Spoor LE, McAdam PE, Weinert LA, Rambaut A, Hasman H, Aarestrup FM, et al. Livestock Origin for a Human Pandemic Clone of Community-Associated Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus. mBio 2013;4(4):e00356-13.
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PhyloPhlAn es una aplicación bioinformática para el análisis filogenético y taxonómico que emplea más de 400 proteínas a partir de 3737 genomas microbianos. De código abierto, es presentado en Segata N, Börnigen N, Morgan XC, Huttenhower C. PhyloPhlAn is a new method for improved phylogenetic and taxonomic placement of microbes. Nature Communications 14 August 2013; doi:10.1038/ncomms3304.
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La secuenciación de tres docenas de cepas de virus influenza A H7N9, tomadas de aves y mercados avícolas en China, ha arrojado luz sobre los mínimos cambios que se requieren para una mayor virulencia y su transmisión a humanos. El reporte aparece en Zhang Q, Shi J, Deng G, Guo J, Zeng X, He X, et al. H7N9 Influenza Viruses Are Transmissible in Ferrets by Respiratory Droplet. Science 26 July 2013;341(6144):410-414.
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El análisis filogenético de las secuencias de dos regiones del genoma del virus de la hepatitis C, obtenidas de 322 pacientes relacionados, permitió excluir del brote a 47 enfermos, al tiempo que confirmó como responsable de la infección a un anestesista sometido a juicio por esa razón. Puede leer el reporte completo en González-Candelas F, Bracho MA, Wróbel B, Moya A. Molecular evolution in court: analysis of a large hepatitis C virus outbreak from an evolving source. BMC Biology 2013;11:76.
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Las secuencias completas de otros 20 microorganismos causantes de enfermedades de transmisión digestiva han sido divulgadas por el Proyecto Cien Mil Genomas. El objetivo final es estudiar esa cantidad de virus y bacterias para acelerar el diagnóstico y tratamiento de las enfermedades de transmisión digestiva. Los nuevos genomas están disponibles en el sitio de BioProject.
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Con el uso de EpiMatrix, un algoritmo computacional que predice la inmunogenicidad, se indentificaron secuencias compartidas entre cepas del virus de la influenza que han circulado entre los años 1980 y 2011. La capacidad de tales péptidos para inducir la producción de interferón gamma es presentada en Moise L, Terry F, Ardito M, Tassone R, Latimer H, Boyle C et al. Universal H1N1 influenza vaccine development: Identification of consensus class II hemagglutinin and neuraminidase epitopes derived from strains circulating between 1980 and 2011. Landes Bioscience July 2013;9(7).
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La utilización de la secuenciación del genoma completo para investigar un caso con tuberculosis resistente a drogas, revela la potencialidad de las tecnologías genómicas en la distinción entre recaída y reinfección, así como para identificar casos secundarios. Lea Köser CU, Bryant JM, Becq J. Török ME, Ellington MJ, Marti-Renom MA, et al. Whole-Genome Sequencing for Rapid Susceptibility Testing of M. tuberculosis. N Engl J Med 2013;369:290-292.
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Una muestra de ADN obtenida de tejido pulmonar del cadáver naturalmente conservado de una mujer fallecida en 1797, permitió encontrar secuencias específicas de M. tuberculosis. Lea al respecto en Chan JZM, Sergeant MJ, Lee OYC, Minnikin DEE, Besra GS, Pap I, et al. Metagenomic Analysis of Tuberculosis in a Mummy. N Engl J Med 2013;369:289-290.
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Dos cepas de virus de influenza aviar H7N9, que ha provocado docenas de muertes humanas en China, han sido secuenciadas de manera independiente por dos equipos de investigadores. Puede leer los reportes completos en Watanabe T, Kiso M, Fukuyama S, Nakajima N, Imai M, Yamada S, et al. Characterization of H7N9 influenza A viruses isolated from humans. Nature 10 July 2013; doi:10.1038/nature12392, y Belser JA, Gustin KM, Pearce MB, Maines TR, Zeng H, Pappas C, ET AL. Pathogenesis and transmission of avian influenza A (H7N9) virus in ferrets and mice. Nature 10
July 2013; doi:10.1038/nature12391.
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La secuenciación de varias muestras de Vibrio cholerae obtenidas de diferentes sitios y momentos del brote iniciado en Haití en el 2010 he permitido identificar la limitada capacidad del agente para adquirir nuevos genes del ambiente y para la transferencia horizontal de genes. Acceda al reporte en Katz LS, Petkau A, Beaulaurier J, Tyler S, Antonova ES, Turnsek MA, et al. Evolutionary Dynamics of Vibrio cholerae O1 following a Single-Source Introduction to Haiti. mBio 2 July 2013;4(4):e00398-13.
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Disponible la versión digital del libro "Cuba indígena hoy: rostros y ADN"
(Nota en CubaDebate)
