Diversidad genómica de la ameba

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El re-secuenciamiento de diez líneas cultivadas del protozoario Entamoeba histolytica ha mostrado un bajo nivel de diversidad en su genoma, a pesar de grandes diferencias en el contenido de las familias de genes y del número de copias. El patrón de polimorfismos ha sugerido la posibilidad de reproducción sexual en este parásito, lo que nunca se ha comprobado. Lea el artículo completo en Genome Biology 2012, 13:R38.

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Comparan dos cepas de Escherichia coli

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Las cepas B y K-12 de E. coli han sido comparadas exhaustivamente por medio del análisis de sus genomas, transcriptomas, proteomas y fenomas. Los resultados han sugerido que E. coli B está bien capacitada para la producción de proteínas recombinantes, por la carencia de flagelos y menos proteasas. E. coli K-12, en cambio, tiene una mayor expresión de proteínas de choque térmico y es menos susceptible a ciertas condiciones de estrés. Puede acceder al trabajo en Genome Biology 2012, 13:R37.

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Datos de genómica de cáncer pediátrico

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Está disponible el mayor volumen de datos nunca antes publicado sobre el cáncer humano, derivado del Pediatric Cancer Genome Project. La intención de la iniciativa es secuenciar más de 1200 genomas para fin de año, aunque ahora se divulgan 520 obtenidos de muestras de tejidos normales y tumorales de 260 pacientes pediátricos. El anuncio apareció en Nature Genetics 2012;44:619-622, y los datos pueden consultarse en el Instituto Europeo de Bioinformática.

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Desarrollan inhibidores para la influenza

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El empleo de la secuenciación profunda (en inglés, deep sequencing) para relacionar estructura y función, ha permitido el diseño de pequeñas proteínas que inhiben el ciclo patogénico del virus de la influenza. Los nuevos antivirales en desarrollo tienen una alta afinidad y son de amplio espectro, en términos del número de cepas al que pueden afectar, incluyendo la influenza pandémica A H1N1. Revise el texto completo del artículo en Nature Biotechnology 2012;30:543-548.

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Identifican proteínas que se unen al ARN

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El objetivo inicial de encontrar las enzimas que se unen al ARN, en un proyecto del Laboratorio Europeo de Biología Molecular, culminó en el descubrimiento de 300 nuevas proteínas con esa misma afinidad. De ellas, alrededor de 50 moléculas participan en su forma mutada en enfermedades como diabetes mellitus, glaucoma, cáncer de próstata y tumores malignos de páncreas. El resumen del reporte está disponible en Cell 2012;149(6):1393-1406.

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Google y nuevos marcadores para cáncer

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Una versión modificada del algoritmo PageRank de Google ha permitido ordenar unas veinte mil proteínas de acuerdo con su relevancia en la progresión del cáncer pancreático. Siete proteínas fueron seleccionadas por sus posibilidades en la evaluación de la agresividad tumoral y la decisión de indicar o no la quimioterapia. Esta aplicación aparece en PLoS Computational Biology 8(5): e1002511.

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Genómica esclarece patogenia de bacterias

La generación de una red metabólica a escala genómica de Neisseria meningitidis es una herramienta útil para identificar los genes esenciales en su metabolismo durante la infección y en los estudios in vitro. Un reporte al respecto aparece en Genome Biology.
Por medio de secuenciamiento de dianas de interferencia de ARN, investigadores ingleses identificaron en Trypanosoma brucei unos 50 genes relacionados con la acción de los medicamentos antiparasitarios empleados en el tratamiento de la enfermedad del sueño. Los resultados son publicados en Nature.
Las vacunas contra Streptococcus pneumoniae podrían no ser útiles a largo plazo debido a que la bacteria, a través de recombinación, reemplaza la región del genoma encargada de la síntesis de la cubierta de polisacáridos por otra de un serotipo diferente. El hallazgo ha sido divulgado en Nature Genetics.

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Secuenciamiento de cuatro nuevos genomas

Los genomas de tres especies de cocodrilos (americano, de agua salada e indio) serán secuenciados por el Grupo de Trabajo Internacional sobre Genomas de Cocodrilos. El estado de esos proyectos son comentados en Genome Biology. Asimismo, curiosamente 160 años después de su descubrimiento, se ha publicado la secuencia completa y el transcriptoma de Schistosoma haematobium, un parásito que ha sido asociado al cáncer de vejiga. Lea un comentario en Nature Genetics.

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Mejoran tecnologías de secuenciamiento

Dos empresas dedicadas al desarrollo de tecnologías de secuenciamiento, Illumina Inc. and Life Technologies Corp., han anunciado la salida al mercado de sendos equipos capaces de leer el genoma humano en 24 horas, y el costo del estudio en la segunda de ellas descenderá hasta los 1000 dólares. Las nuevas máquinas, HiSeq 2500 e Ion Proton Sequencer, respectivamente, significan un avance importante en los esfuerzos por hacer del estudio de los genomas individuales un proceder que llegue a las instituciones de salud. Puede acceder a una breve nota sobre el tema en The Scientist.

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