La creación de nuevos minigenes sintéticos a partir de la identificación de epítopes T y la modificación de su secuencia para potenciar su inmunogenicidad son aplicaciones de los algoritmos bioinformáticos disponibles en la actualidad. El empleo de estas herramientas en el desarrollo de vacunas de ADN basadas en epítopes y su evaluación preclínica contra el linfoma de células B son abordados en un artículo de revisión en Biotechnol Adv.
Los anticuerpos contra el factor VIII de la coagulación reducen el efecto terapéutico de esta sustancia en pacientes con hemofilia A. Por medio de algoritmos inmunoinformáticos se identificaron epítopes en el dominio C2, así como las mutaciones que reducen su inmunogenicidad. Esta estrategia es empleada para producir una molécula con actividad clínica mejorada, de acuerdo con un trabajo en Clin Immunol.
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Dos de las principales plataformas empleadas para secuenciar el genoma humano, Illumina y Complete Genomics, han sido comparadas en el estudio de un individuo. El 88,1 % de los polimorfismos mononucleotídicos fue identificado por ambas tecnologías, mientras que solo se encontró un 26,5 % de concordancia para las inserciones-deleciones. Más del 60 % de las variantes detectadas por las plataformas independientes estaban efectivamente presentes en el genoma. Lea el artículo completo en Nature Biotechnology.
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Una nueva tecnología de secuenciamiento, denominada Benchtop Ion Proton Sequencer, puede procesar el genoma humano completo en apenas un día de trabajo a un costo de mil dólares. La mejoría en tiempo, precisión y precio podría tener un profundo impacto en las aplicaciones clínicas del secuenciamiento. Los fabricantes han solicitado la aprobación a la FDA y trabajan en la introducción progresiva de chips de capacidad creciente, según comenta el servicio de noticias Medical News Today.
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Un método de secuenciación ultraprofundo, denominado Ultra-deep targeted sequencing (UDT-Seq), permite detectar mutaciones somáticas de baja prevalencia en muestras tumorales. La sensibilidad reportada para el ensayo fue de 94 %, en tanto la especificidad superó el 99 %. Las potenciales aplicaciones clínicas del método se relacionan con la identificación de la clonalidad tumoral así como la selección de las mejores opciones de tratamiento, en opinión de los autores en Genome Biology, quienes depositaron los datos obtenidos en el NCBI.
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A partir del genoma de siete cepas de Helicobacter pylori de todo el mundo, y mediante la aplicación de métodos computacionales, se identificaron péptidos de nueve residuos de extensión (nonámeros) idénticos entre todas las cepas y que ocupan la misma posición en la proteína nativa. Aquellos con mayor afinidad por haplotipos HLA-II de amplia distribución mundial podrían ser candidatos para una vacuna contra la bacteria, de acuerdo con un trabajo en Immunome Research.
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Un método in vitro libre de células basado en un conjunto de proteasas incubadas con HLA DRB1*0101, HLA-DM y antígenos nativos, combinado con espectrometría de masa para la identificación de epítopes T inmunodominantes, fue comparado con el algoritmo EpiMatrix. El método computacional tuvo un rendimiento similar, además de analizar más rápida y económicamente una mayor cantidad de alelos HLA y cubrir, por tanto, una mejor representación de la población humana. El reporte aparece en Immunome Research.
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Las bacterias intracelulares Burkholderia son consideradas agentes de potencial uso en bioterrorismo. Por medio de los algoritmos EpiMatrix, ClustiMer y EpiAssembler se procesaron 31 genomas disponibles de especies de Burkholderia y se obtuvieron 2880 secuencias inmunogénicas altamente conservadas, el 82,9% de las cuales se unieron in vitro a al menos tres alelos HLA-II. Se espera que los ensayos en animales conduzcan a una vacuna contra estos patógenos, según los autores de un artículo en Immunome Research.
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11 secuencias proteicas de aislamientos en Indonesia del virus influenza A H5N1 fueron empleadas para identificar epítopes T con afinidad para tipos de HLA de esa región, con el uso de los algoritmos NetCTLpan, IEDBann y netMHCann. Para la mayoría no se encontró similitud en humanos que condicionara el riesgo de autoinmunidad inducida por la inmunización. 18 péptidos resultaron los mejores candidatos para una vacuna protectora en ese país y para otros grupos étnicos. Acceda al resumen en Immunome Research.
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El transcriptoma completo de la cianobacteria Anabaena ha permitido identificar los ARN cuya transcripción se modifica en respuesta a la carencia de nitrógeno. Esta bacteria cumple un papel esencial en la fijación del nitrógeno procedente de la atmósfera y se consideran útiles porque son biofactorías y productoras de biocombustibles en potencia. El hallazgo es publicado en PNAS.
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