Cáncer

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El seguimiento a la literatura científica concerniente a la introducción en la clínica de los avances en la genómica ha identificado que la mayoría de los artículos publicados aborda pruebas genómicas específicas y es el cáncer el área más representada. Estos y otros hallazgos aparecen en Clyne M, Schully SD, Dotson WD, Douglas MP, Gwinn M, Kolor K, et al. Horizon scanning for translational genomic research beyond bench to bedside. Genetics in Medicine 2014;16:535-538.

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La pertinencia de la toma de decisiones clínicas a partir de los resultados de técnicas que emplean la secuenciación de próxima generación (NGS, por sus siglas en inglés) en la caracterización de tumores, es respaldada o rechazada por expertos. Lea un debate al respecto publicado en Tripathy D, Harnden K, Blackwell K, Robson M. Next generation sequencing and tumor mutation profiling: are we ready for routine use in the oncology clinic? BMC Medicine 2014;12:140.

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Los resultados de la aplicación clínica de los datos moleculares obtenidos de tumores pueden ser útiles en la predicción de la supervivencia de los enfermos, aunque ello depende del número y las variedades tumorales, entre otros factores. Una valoración al respecto aparece en Yuan Y, Van Allen EM, Omberg L, Wagle N, Amin-Mansour A, Sokolov A. Assessing the clinical utility of cancer genomic and proteomic data across tumor types. Nature Biotechnology 2014; doi:10.1038/nbt.2940.

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Un estudio de asociación de genoma completo en una cohorte de 741 españoles tratados por cáncer prostático ha señalado al gen TANC1 con alguna participación en el daño inducido por radioterapia. Puede acceder al texto completo del artículo en Fachal L, Gómez-Caamaño A, Barnett GC, Peleteiro P, Carballo AM, Calvo-Crespo P, et al. A three-stage genome-wide association study identifies a susceptibility locus for late radiotherapy toxicity at 2q24.1. Nature Genetics 2014; doi:10.1038/ng.3020.

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Un marcador de metilación del ADN en portadores del gen BRCA1 mutado en células sanguíneas puede predecir el riesgo de cáncer de mama años antes del diagnóstico. Así se comenta en Anjum Z, Fourkala EO, Zikan M, Wong A, Gentry-Maharaj A, Jones A, et al. A BRCA1-mutation associated DNA methylation signature in blood cells predicts sporadic breast cancer incidence and survival. Genome Medicine 2014;6:47.

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La combinación de secuenciación del exoma y metodologías bioinformáticas condujo a predecir antígenos de neoformación en las leucemias, verificar su unión experimental a HLA y detectar linfocitos T CD8+ específicos en los pacientes afectados. Lea sobre estas tecnologías y sus resultados en Rajasagi M, Shukla SA, Fritsch EF, Keskin DB, DeLuca D, Carmona E, et al. Systematic identification of personal tumor-specific neoantigens in chronic lymphocytic leukemia. Blood. 2014 Jun 2. pii: blood-2014-04-567933.

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Los datos de expresión de genes y sus interacciones a nivel cromosómico han permitido construir una red a escala genómica de esta compleja enfermedad. Acceda a su descripción en Emmert-Streib F, de Matos Simoes R, Glazko G, McDade S, Haibe-Kains B, Holzinger A, et al. Functional and genetic analysis of the colon cancer network. BMC Bioinformatics 2014;15(Suppl 6):S6.

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Un panel con secuencias de 42 genes con asociación de riesgo para cáncer hereditario identificó, además, 16 mutaciones en otros genes. Puede acceder al artículo en Kurian AW, Hare E, Mills MA, Kingham KE, McPherson L, Whittemore AS, et al. Clinical Evaluation of a Multiple-Gene Sequencing Panel for Hereditary Cancer Risk Assessment. JCO April 14;2014; doi: 10.1200/JCO.2013.53.6607.

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A partir de los datos de expresión de genes de un tumor antes de comenzar los regímenes terapéuticos, es posible predecir la sensibilidad a la quimioterapia. Los resultados que soportan tal hipótesis se muestran en Geeleher P, Cox NJ, Huang RS. Clinical drug response can be predicted using baseline gene expression levels and in vitro drug sensitivity in cell lines. Genome Biology 2014;15:R47.

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El análisis del genoma y el exoma de 19 pacientes con tumores malignos de estómago reveló, entre otros hallazgos, siete nuevas mutaciones somáticas en el gen CDH1 y la identificación de un gen de fusión TSC2RNF216. Lee YS, Cho YS, Lee GK, Lee S, Kim YW, Jho S, et al. Genomic profile analysis of diffuse-type gastric cancers. Genome Biology 2014;15:R55.