La proteína miofibrilar tropomiosina es uno de los principales alergenos en los crustáceos. Con el empleo de tres herramientas inmunoinformáticos se identificaron 10 péptidos de la molécula en el camarón (Penaeus monodon), así como los cinco aminoácidos más frecuentes en tales epítopes. Puede leer el resumen en Food Chem Toxicol.
Un reciente artículo revisa los enfoques computacionales para la predicción de epítopes que puedan ser útiles en la inmunoterapia del cáncer. Las herramientas disponibles asisten en el diseño de minigenes sintéticos y permiten la modificación de la secuencia para potenciar la inmunogenicidad de los candidatos vacunales. El trabajo ejemplifica tales posibilidades en las vacunas para el linfoma de células B y está disponible en Biotechnol Adv.
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La predicción computacional de epítopes de la proteína TSOL18, de Taenia solium, condujo a la construcción de un péptido sintético con epítopes lineales B y T localizados en la superficie de la molécula. Aunque la protección inducida por el candidato vacunal administrado por vía oral no fue completa, generó anticuerpos IgG en cerdos y redujo el número de quistes en cerdos. El ensayo es publicado en Bioinformation.
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La aplicación de las tecnologías ómicas ha dejado de ser potencial y son ya una realidad en el campo de las vacunas para la tuberculosis y el cáncer. La vaccinómica, que integra la inmunogenética, la inmunogenómica, la inmunoproteómica y la inmunología básica con la transcriptómica y otras tecnologías, permite además la individualización de las terapias, el desarrollo de nuevos marcadores diagnósticos y la definición de indicadores de respuesta. Lea una revisión sobre el tema en OMICS y otra en Enferm Infecc Microbiol Clin.
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FungalRV es un portal desarrollado para la predicción de adhesinas de hongos y su aplicación en el desarrollo de vacunas contra ese grupo de patógenos. Incluye los sets de datos de secuencias proteicas de adhesinas de Candida albicans, Candida glabrata, Aspergillus fumigatus, Coccidioides immitis, Coccidioides posadasii, Histoplasma capsulatum, Blastomyces dermatitidis, Pneumocystis carinii, Pneumocystis jirovecii y Paracoccidioides brasiliensis. Se predijeron un total of 307 adhesinas micóticas a partir de los proteomas completos de ocho especies patogénicas y las secuencias fueron procesadas por 18 algoritmos inmunoinformáticos. La descripción de este recurso aparece en BMC Genomics.
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Las herramientas genotípicas basadas en el análisis de la región V3 de la envoltura del virus de la inmunodeficiencia humana (VIH) se perfilan como la alternativa a los ensayos fenotípicos para la determinación del tropismo del VIH por los receptores de quimiocinas CCR5 y CXCR4 en la práctica clínica. A partir del secuenciamiento de la región V3 de de 92 pacientes, 72 infectados por subtipo B y 20 por no-B, y su análisis con 8 algoritmos distintos, se encontró una alta concordancia entre los distintos algoritmos genotípicos utilizados para la determinación del tropismo viral en pacientes infectados con subtipo B, especialmente con webPSSMSINSI y geno2pheno o Wetcat. La falta de consenso para subtipos no-B podría justificarse por su baja prevalencia en las bases de datos empleadas para el entrenamiento de los predictores genotípicos. Acceda al reporte en Enfermedades Infecciosas y Microbiología Clínica.
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La neuraminidasa (NA) es una enzima que el virus de la influenza A H1N1 utiliza para eliminar el ácido siálico de las cadenas de carbohidrato, un paso clave en la infección por este agente. A partir del secuenciamiento de genes de NA, se emplearon algoritmos inmunoinformáticos para predecir epítopes B, los cuales fueron sintetizados artificialmente y evaluados en conejos para determinar su inmunogenicidad. El procedimiento permitió identificar cinco péptidos: LR17, SS12, DP9, DS11 y DI14, capaces de estimular la formación de anticuerpos neutralizantes contra el virus pandémico A H1N1 en un ensayo in vitro de microneutralización. El alineamiento con bases de datos reveló que los aminoácidos de los péptidos están altamente conservados entre cepas del virus de todo el mundo, lo cual apoya su utilidad para vacunas peptídicas sintéticas contra la gripe pandémica. El resumen del artículo está disponible en Vaccine.
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Entre las preocupaciones por la pandemia de influenza A H1N1 estaba la ausencia de anticuerpos capaces de proteger, lo que podía conducir a una alta letalidad; sin embargo, la severidad de la enfermedad fue menor que la esperada. A partir de herramientas inmunoinformáticas, se predijo la existencia de una reactividad cruzada protectora a partir de linfocitos T CD4+ específicos para los virus de la gripe estacional de los años 2008 y 2009. Ensayos con leucitos de sangre periférica de donantes no expuestos a la gripe pandémica han confirmado una precisión de entre el 80 y el 90 % de los métodos computacionales para predecir los perfiles de respuesta inmune a este virus. Puede leer el resumen en Vaccine.
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La lucha contra la tripanomiasis africana se ha dificultado por la variabilidad antigénica del agente causal. A partir de herramientas inmunoinformáticas, investigadores indios han identificado, entre otros, los epítopes FLINKKPAL y FTALCTLAA, conservados en el Trypanosoma brucei, lo que permitió el diseño de candidatos vacunales multiepitópicos efectivos incluso en poblaciones no africanas. Consulte el resumen del reporte en Microbial Pathogenesis.
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Los perfiles de expresión de proteínas en las vías respiratorias de pacientes con asma severa podrían ser útiles para predecir la mejor respuesta a los diversos tratamientos disponibles para la enfermedad. La aplicación de métodos computacionales para relacionar los niveles de veinte citocinas en las secreciones respiratorias con alguno de cuatros subtipos de asma, según la patogenia y la respuesta a medicamentos, permitió clasificar a los enfermos con una precisión entre el 80 y el 90%. El estudio aparece publicado en Clinical and Translational Science.
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