Los perfiles de expresión génica, detectados por medio de microarreglos (arrays), pueden precisar en muestras de sangre periférica si el agente causal de una infección respiratoria es un virus o una bacteria. El reporte, que evaluó los cambios genómicos en respuesta a infecciones por dos cepas de virus influenza A y por la bacteria Staphylococcus aureus, tiene importantes implicaciones diagnósticas y terapéuticas, según consideran los autores de dos reportes independientes en PLoS ONE 2013;8(1):e52198 y PLoS ONE 2013;8(1):e48979.
Por medio de una estrategia bioinformática, las secuencias disponibles en bases de datos públicas sobre el agente causal de la enfermedad de Chagas han mostrado 288 957 polimorfismos mononucleotídicos y 1480 inserciones/deleciones. Ello explica la diversidad de este patógeno, de acuerdo con el trabajo aparecido en BMC Genomics 012;13:736.
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La Agencia de Medicamentos y Alimentos de Estados Unidos (FDA, por sus siglas en inglés) ha incluido la genómica entre los elementos a considerar a la hora de seleccionar los pacientes que participarán en los ensayos clínicos de nuevos medicamentos. Deben tenerse en cuenta las variaciones individuales y la genómica de los patógenos, de acuerdo con el borrador para comentarios de la normativa, el cual puede descargar aquí.
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Un enfoque integrador que combinó proteómica, genómica y otras metodologías, ha identificado genes implicados en la producción de los interferones de tipo I. Las proteínas ABCF1 y CDC37 resultaron críticas en la modulación de la respuesta inmune innata a la infección por retrovirus. El texto completo del artículo está disponible en Nature Immunology 2012 23 December.
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El análisis bioinformático de los genes inducidos por condiciones de hipoxia mantenida en cepas de Mycobacterium tuberculosis reveló cinco nuevas proteínas inmunodominantes, relacionadas con una mayor producción de interferón gamma. Puede consultar el resumen publicado en The Journal of Immunology 2012;189(12):5867-5876.
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Dos cepas de Clostridium difficile están detrás de brotes epidémicos en hospitales estadounidenses y otras regiones de mundo, de acuerdo con el análisis de las secuencias genómicas de las bacterias y su comparación filogenética. Su emergencia y el desarrollo de resistencia antimicrobiana son explicadas en Nature Genetics 2013;45:109–113.
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Un equipo multinacional ha puesto en línea SchistoDB, un recurso que contiene los datos genómicos de las tres especies de esquistosomas que producen enfermedad en el humano. Por medio de una sencilla interface se proporcionan análisis bioinformáticos, minería de datos y diversas aplicaciones adicionales. El reporte original aparece en Nucleic Acids Research 2012.
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El análisis genómico de más de cien especies bacterianas de la población microbiana del intestino humano ha revelado 10.3 millones de polimorfismos, sobre todo en los genes que aportan resistencia a los antibióticos. Otros interesantes hallazgos aparecen en el trabajo divulgado en Nature 2012 December 5.
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La secuenciación de los genomas microbianos puede revolucionar el diagnóstico microbiológico. Más allá de complementar los estudios tradicionales, las tecnologías ómicas arrojan luz sobre los microorganismos no cultivables y permiten rastrear la diseminación de gérmenes en las comunidades y los hospitales. Un artículo aborda el tema en Nature Biotechnology 2012;30:1068–1071.
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El virus HCoV-EMC/2012, aislado de un paciente saudí fallecido en junio por síndrome de distrés respiratorio agudo y disfunción multiorgánica, ha sido caracterizado por medio de la secuenciación de su genoma de 30119 nucleótidos. El agente está estrechamente relacionado con los coronavirus que afectan murciélagos que habitan en Asia y Arabia Saudita, aunque es lo suficientemente diferente como para ser considerado una nueva especie. Tales hallazgos son presentados en mBio 2012;3(6):e00473-12.
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