Bioinformática

Bioinformática reclama atención en formación e investigación

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2017 12 13 AITres artículos abordan la importancia de la bioinformática desde perspectivas diversas: su inclusión en las especialidades médicas, los cambios que reclama desde la academia y la financiación, así como su aplicación en la identificación de nuevas dianas en la esclerosis lateral amiotrófica:
– La bioinformática en las especialidades biomédicas: ¿por qué y para qué?
– Computational biologists: moving to the driver’s seat
– Artificial intelligence in neurodegenerative disease research: use of IBM Watson to identify additional RNA-binding proteins altered in amyotrophic lateral sclerosis

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Algoritmo para diseñar anticuerpos y otras proteínas

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2017 10 22 AbUn algoritmo bioinformático que permite diseñar fragmentos variables funcionales y estables de anticuerpos, con afinidades nanomolares para sus ligandos, podría aplicarse al diseño de otras estructuras, como enzimas, de acuerdo con la opinión de los autores del estudio Baran D, Pszolla MG, Lapidoth GD, Norn C, Dym O, Unger T, et al. Principles for computational design of binding antibodies. PNAS 2017;114(41):10900–10905.

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Edición 90 de Ensembl incrementa número de genomas

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Ensembl_logo_150Los genomas de al menos 19 roedores han sido actualizados o adicionados en la última versión del proyecto Ensembl. En el caso de las secuencias humanas, están disponibles nuevos datos sobre mutaciones en cáncer, polimorfismos y otras variantes, así como de fenotipos y resultados de microarrays. Puede leer la nota publicada por el Instituto Europeo de Bioinformática.

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Encuentran virus desconocidos en camellos que viven entre humanos

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CamelAl menos cinco nuevas especies virales han sido encontradas por secuenciación metagenómica en muestras tomadas por exudados nasofaríngeos de 108 dromedarios en un mercado de animales en Abu Dhabi. Los camélidos estaban al mismo tiempo infectados por el coronavirus del síndrome respiratorio del Medio Oriente (MERS-CoV), de acuerdo con el reporte de Li Y, Khalafalla AI, Paden CR, Yusof MF, Eltahir YM, Al Hammadi ZM, et al. Identification of diverse viruses in upper respiratory samples in dromedary camels from United Arab Emirates. PLoS ONE 2017;12(9): e0184718.

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ADN circulante en sangre revela nuevos virus y bacterias

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2017 07 26 - microbiomaPor medio de la secuenciación masiva de ADN circulante en la sangre de más de mil muestras de 188 individuos, y su análisis bioinformático, se ha encontrado una amplísima variedad de nuevos miembros del microbioma humano, tanto bacterias como virus. Se incrementa así, y notablemente, la complejidad y diversidad de la composición microbiana del cuerpo humano, según Kowarsky M, Camunas-Soler J, Kertesz M, De Vlaminck I, Koh W, Pan W, et al. Numerous uncharacterized and highly divergent microbes which colonize humans are revealed by circulating cell-free DNA. PNAS 2017; doi: 10.1073/pnas.1707009114.

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Diez años de los estudios de asociación (GWAS)

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2017 07 22 GWASLos estudios de asociación de genoma completo (en inglés genome-wide association studies, GWAS) han conducido a avances en genética poblacional, la biología de las enfermedades y su traducción en nuevos fármacos. La predicción de lo que está por venir en los próximos diez años, aparecen en Visscher PM, Wray NR, Zhang Q, Sklar P, McCarthy MI. 10 Years of GWAS Discovery: Biology, Function, and Translation. The American Journal of Human Genetics 2017;101(1):5-22.

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Actualizan importantes bases de datos

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2017 07 22 uniprotLa versión 7 del 2017 de la base de datos UniProt está disponible desde este mes de julio, e incluye ahora un total de 88588026 proteínas, lo que la mantiene como uno de los más importantes recursos de referencia para este tipo de biomoléculas.
También ha sido actualizado a la edición 132 el Archivo Europeo de Nucleótidos (European Nucleotide Archive, ENA), que contiene la cifra de 838955095 secuencias y 2209428677754 nucleótidos. Este volumen de datos alcanza los 4.7 TB de información.

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Resistencia puede preceder al uso de antibióticos

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2017 07 22 mrsaPor medio de la secuenciación del genoma completo de las primeras cepas de estafiloco dorado resistente a meticilina y su análisis filogenético, se ha estimado que tales colonias emergieron en la década de 1940, unos veinte años antes de la introducción del antibiótico en la práctica clínica. Este interesante hallazgo y sus implicaciones son comentadas en Harkins CP, Pichon B, Doumith M, Parkhill J, Westh H, Tomasz A, et al. Methicillin-resistant Staphylococcus aureus emerged long before the introduction of methicillin into clinical practice. Genome Biology 2017;18:130.

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Recurso que integra repositorios biomédicos

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2017 06 24 DataMedDataMed es un recurso en el cual se pretende integrar múltiples repositorios de datos en un solo espacio. Forma parte de la Iniciativa Big Data to Knowledge, de los Institutos Nacionales de Salud de Estados Unidos. Puede leer al respecto en Ohno-Machado L, Sansone SA, Alter G, Fore I, Grethe J, Xu H, et al. Finding useful data across multiple biomedical data repositories using DataMed. Nature Genetics 2017;49:816–819.

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