Bioinformática

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2017 01 27 BiBPuede leer una aproximación a las potencialidades de la bioinformática en la integración de los datos derivados de la atención a pacientes y su aporte a la toma de decisiones clínicas, desde el diagnóstico hasta las intervenciones por el mayor bienestar, en el artículo Shameer K, Badgeley MA, Miotto R, Glicksberg BS, Morgan JW, Dudley JT. Translational bioinformatics in the era of real-time biomedical, health care and wellness data streams. Brief Bioinform. 2017 Jan;18(1):105-124.

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PharosPharos es una interfase para facilitar el hallazgo de información relevante que conduzca al desarrollo de fármacos a partir de la información disponible sobre familias de proteínas. Lea más en Nguyen DT, Mathias S, Bologa C, Brunak S, Fernandez N, Gaulton N, et al. Pharos: Collating protein information to shed light on the druggable genome. Nucl. Acids Res. 2016; doi: 10.1093/nar/gkw1072.

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2016  12 27 VVRVirus Variation Resource es una plataforma para el trabajo con secuencias de siete grupos virales: influenza, dengue, del Nilo occidental, ébola, MERS, rotavirus A y zika. Sus características se resumen en Hatcher EL, Zhdanov SA, Bao Y, Blinkova O, Nawrocki EP, Ostapchuck Y,  et al. Virus Variation Resource – improved response to emergent viral outbreaks.  Nucl. Acids Res. (2016) doi: 10.1093/nar/gkw1065.

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2016 12 03 CancerLos métodos computacionales para la predición de genes relacionados con la aparición del cáncer varían significativamente en sus resultados, por lo que aún existen posibilidades de mejora para tales herramientas. Así se concluye en Tokheim CJ, Papadopoulos N, Kinzler KW, Vogelstein B, Karchin R. Evaluating the evaluation of cancer driver genes. PNAS 2016; doi: 10.1073/pnas.1616440113.

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E. C. HolmesEl análisis de las secuencias genómicas de muestras de virus Ébola arroja luz sobre los orígenes, la evolución y la diseminación del agente durante el brote 2013-2016 en África. Lea los detalles en Holmes EC, Dudas G, Rambaut A, Andersen KG. The evolution of Ebola virus: Insights from the 2013–2016 epidemic. Nature 2016;538:193–200.

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2016 09 30 Wellcome CampusOrganizado por The Wellcome Trust y celebrado en el Instituto de Higiene de Montevideo, Uruguay, sesionó entre el 12 y el 16 de septiembre el curso Human and Vertebrate Genomics: Bioinformatics Tools and Resources. Con estudiantes de Argentina, Brasil, Cuba, Perú y el país sede, se abordaron las aplicaciones de herramientas como Ensembl, UCSC Genome Browser, BioMart y muchos otros.

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2016 09 30 TGDUn incremento de la tercera parte de los datos, con relación a 2015, es el resultado de la reciente actualización de The Comparative Toxicogenomics Database, especializada en las interacciones entre las sustancias químicas y los productos génicos. Sus avances son comentados en Davis AP, Grondin CJ, Johnson RJ, Sciaky D, King BL, McMorran R, et al. The Comparative Toxicogenomics Database: update 2017. Nucl. Acids Res. 2016; doi: 10.1093/nar/gkw838.

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4El viroma o población viral del planeta es más amplio, diverso y complejo de lo que se pensaba. Un abarcador estudio en busca de secuencias virales ha duplicado el número de especies microbianas infectadas por estos agentes y ha identificado el más grande fago hasta ahora. Otros hallazgos son comentados en Paez-Espino D, Eloe-Fadrosh EA, Pavlopoulos GA, Thomas AD, Huntemann M, Mikhailova N, et al. Uncovering Earth’s virome. Nature 25 August 2016;536(425–430).

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18EXCAVATOR2 es el nombre de un algoritmo de descarga gratuita que mejora la detección de variantes del número de copias (CNVs en inglés) a partir de los datos obtenidos en experimentos de secuenciación del exoma. La herramienta es descrita en D’Aurizio R, Pippucci T, Tattini L, Giusti B, Pellegrini M, Magi A. Enhanced copy number variants detection from whole-exome sequencing data using EXCAVATOR2. Nucl. Acids Res. 2016; doi: 10.1093/nar/gkw695.