Con la reducción de los costos de la secuenciación y el incremento en la generación de datos se requiere de nuevos paradigmas para el almacenamiento y análisis de los resultados experimentales. Así opinan en Muir P, Li S, Lou S, Wang D, Spakowicz DJ, Salichos L, et al. The real cost of sequencing: scaling computation to keep pace with data generation. Genome Biology 2016;17:53.
Filed under Bases de datos, Bioinformática, Genómica by on . Comment.
El análisis filogenético de 41 cepas de virus zika de América del Sur, Polinesia, Malasia y Nigeria reveló cambios en una proteína que podrían alterar su virulencia. Los hallazgos al respecto son presentados en Wang L, Valderramos SG, Wu A, Ouyang S, Li C, Brasil P, et al. From Mosquitos to Humans: Genetic Evolution of Zika Virus. Cell Host and Microbe 2016;19(5):561–565.
Filed under Bioinformática, Diagnóstico, Filogenética, Patógenos by on . Comment.
Las divergencias entre las secuencias del cromosoma Y entre neandertales y el hombre moderno pudo ser la causa de que no se mezclaran ambas especies de homínidos. Así especulan los autores del artículo Mendez FL, Poznik GD, Castellano S, Bustamante CD. The Divergence of Neandertal and Modern Human Y Chromosomes. The American Journal of Human Genetics 7 April 2016;98(4):728–734.
Filed under Bioinformática, Genómica, Polimorfismos, Proyecto Genoma Humano by on . Comment.
La progresiva reducción de los costos de la secuenciación del genoma ha provocado una explosión en la generación de datos, y una creciente demanda de los servicios bioinformáticos. Tal es el tema a debate en Muir P, Li S, Lou S, Wang D, Spakowicz DJ, Salichos L, et al. The real cost of sequencing: scaling computation to keep pace with data generation. Genome Biology 2016;17:53.
Filed under Bases de datos, Bioinformática by on . Comment.
La secuenciación y el análisis filogenético del ADN mitocondrial de restos humanos precolombinos sugieren la entrada de humanos por el estrecho de Bering a partir de poblaciones de Siberia oriental. Otros detalles se revelan en Llamas B, Fehren-Schmitz L, Valverde G, Soubrier J, Mallick S, Rohland N, et al. Ancient mitochondrial DNA provides high-resolution time scale of the peopling of the Americas. Science Advances 01 Apr 2016;2(4):e1501385.
Filed under Bioinformática, Filogenética, Genómica by on . Comment.
Los análisis filogenéticos sugieren una única introducción del virus del zika en las Américas, así como sus vías de diseminación a partir de Brasil. Estos y otros hallazgos son descritos en Rodrigues Faria N, do Socorro R, Kraemer MUG, Souza R, Sequetin Cunha M, Hill SC, et al. Zika virus in the Americas: Early epidemiological and genetic findings. Science 24 Mar 2016; DOI: 10.1126/science.aaf5036.
Filed under Bioinformática, Filogenética, Patógenos by on . Comment.
La comparación de las secuencias reportadas para cepas de virus antes y después de la actual epidemia ha identificado algunas diferencias para el actual brote. Lea al respecto en Zhu Z, Chan JFW, Tee KM, Choi GKY, Lau SKP, Woo PCY, et al. Comparative genomic analysis of pre-epidemic and epidemic Zika virus strains for virological factors potentially associated with the rapidly expanding epidemic. Emerging Microbes & Infections 2016;5:e22.
Filed under Bioinformática, Filogenética, Patógenos by on . Comment.
La presencia en el genoma humano actual de secuencias derivadas de los antepasados neandertales y denisovanos fue determinada en Vernot B, Tucci S, Kelso J, Schraiber JG, Wolf AB, Gittelman RM, et al. Excavating Neandertal and Denisovan DNA from the genomes of Melanesian individuals. Science 17 Mar 2016.
Filed under Bioinformática, Filogenética, Proyecto Genoma Humano by on . Comment.
Las epidemias de peste bubónica se prolongaron en Europa al menos tres siglos más después de la pandemia de muerte negra, de acuerdo con secuencias genómicas de Yersinia pestis del siglo XVIII. El estudio puede ser consultado en Bos KI, Herbig A, Sahl J, Waglechner N, Fourment M, Forrest SA, et al. Eighteenth century Yersinia pestis genomes reveal the long-term persistence of an historical plague focus. eLife 2016;5:e12994.
Filed under Bioinformática, Filogenética, Patógenos by on . Comment.
El reporte de la secuenciación y el análisis del genoma del virus zika, obtenido en Brasil a partir de líquido amniótico de gestantes con fetos que presentaron microcefalia, puede ser consultado en Calvet G, Aguiar RS, Melo ASO, Sampaio SA, de Filippis I, Fabri A, et al. Detection and sequencing of Zika virus from amniotic fluid of fetuses with microcephaly in Brazil: a case study. The Lancet 17 February 2016; DOI: http://dx.doi.org/10.1016/S1473-3099(16)00095-5.
Filed under Bioinformática, Defectos congénitos, Diagnóstico, Filogenética, Genómica, Patógenos by on . Comment.
Disponible la versión digital del libro "Cuba indígena hoy: rostros y ADN"
(Nota en CubaDebate)
