Otros Proyectos Genoma

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El genoma del celacanto, un pez que se creía extinto 70 millones de años atrás y fue “redescubierto” en 1938, ha sido secuenciado y sus principales resultados son comentados en Amemiya CT, Alföldi J, Lee AP, Fan S, Philippe H, MacCallum I et al. The African coelacanth genome provides insights into tetrapod evolution. Nature 2013;496:311–316.

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El Instituto Nacional de Alergia y Enfermedades Infecciosas (NIAID por su siglas en inglés) de los Estados Unidos ha abierto una convocatoria para financiar la creación de centros de genómica para las enfermedades infecciosas. La iniciativa aportará hasta US$ 14 millones para la apertura de dos o tres instituciones que combinen la secuenciación, la identificación de polimorfismos, la expresión génica, el análisis bioinformático, entre otros. La convocatoria puede ser aquí.

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La construcción de árboles filogenéticos de hantavirus, causantes de importantes zoonosis en el humano, ha conducido a la hipótesis de que estos patógenos podrían haber emergido en los murciélagos antes de establecerse en los roedores. Tal descubrimiento, y el hallazgo de cuatro nuevas cepas de estos virus, aparecen en Guo W-P et al. Phylogeny and Origins of Hantaviruses Harbored by Bats, Insectivores, and Rodents. PLoS Pathog 2013;9(2):e1003159.

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Por medio de una estrategia bioinformática, las secuencias disponibles en bases de datos públicas sobre el agente causal de la enfermedad de Chagas han mostrado 288 957 polimorfismos mononucleotídicos y 1480 inserciones/deleciones. Ello explica la diversidad de este patógeno, de acuerdo con el trabajo aparecido en BMC Genomics 012;13:736.

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Un equipo multinacional ha puesto en línea SchistoDB, un recurso que contiene los datos genómicos de las tres especies de esquistosomas que producen enfermedad en el humano. Por medio de una sencilla interface se proporcionan análisis bioinformáticos, minería de datos y diversas aplicaciones adicionales. El reporte original aparece en Nucleic Acids Research 2012.

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Seis veces mayor que el genoma humano, el del trigo ha sido secuenciado, al igual que el de la cebada, el papamoscas, la naranja y el abedul. Se han publicado nuevos elementos sobre el genoma del cerdo. Los artículos originales que describen estos y otros hallazgos están disponibles en la página de este sitio sobre otros Proyectos Genoma. Un comentario sobre el estudio del trigo ha sido publicado por Nature 2012;491:678–680.

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Cronobacter es un género bacteriano agresivo que ha sido descubierto recientemente en relación con los alimentos, materiales sanitarios y el ambiente; es causa de muerte, daño cerebral, meningitis o enterocolitis necrotizante en recién nacidos. Fueron secuenciadas cepas de siete especies y muchos de sus genes caracterizados, lo que significa un paso importante en el conocimiento del germen, y una oportunidad para mejorar el diagnóstico y su tratamiento. Puede leer al respecto en PLoS One. 2012;7(11):e49455.

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Varias agencias federales de Estados Unidos, universidades y empresas privadas han iniciado un proyecto para secuenciar los genomas de cien mil agentes infecciosos de transmisión hídrica o digestiva. Con una duración estimada de cinco años, se espera disponer en una base de datos de acceso público de los genomas de bacterias como Salmonella, Listeria y E. coli, así como numerosos virus. Lea la nota al respecto en el sitio de la FDA.

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Investigadores españoles obtuvieron la secuencia completa del melón, estimada en 450 millones de pares de bases y 27.427 genes. El reporte es recogido por PNAS 2012;109(29):11872-11877.
Científicos chinos, por su parte, han descrito el genoma y el transcriptoma del yak doméstico, que contiene claves de su adaptación a las grandes alturas en que habita. Sus resultados fueron presentados en Nature Genetics 2012;44:946-949.
El macaco malasio (Macaca fascicularis) también ha sido secuenciado y comparado con su pariente el macaco rhesus. Un artículo con los hallazgos apareció en Genome Biology 2012;13:R58.

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El sitio web Bioinformática para la Salud, resultado de un proyecto de investigación del Centro Provincial de Genética Médica de Las Tunas, llega a su segundo aniversario. Con el objetivo de promover las aplicaciones de la biología computacional en las ciencias de la salud humana y su introducción y extensión en el sistema sanitario cubano, ha publicado 156 notas sobre soluciones informáticas, algoritmos, bases de datos, nuevos genomas secuenciados, los continuos avances sobre la relación del genoma humano con el proceso salud-enfermedad y las posibilidades y realidades de su introducción en la práctica clínica.