Otros Proyectos Genoma

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Los datos de secuencia pueden ser parámetros clínicos relevantes para predecir la virulencia de cepas bacterianas circulantes. Tal es la conclusión del estudio del genoma de 90 cepas de estafiloco dorado resistente a la meticilina, publicado en Laabei M, Recker M, RudkiN JK, Aldeljawi M, Gulay Z, Sloan TJ, et al. Predicting the virulence of MRSA from its genome sequence. Genome Res. April 9 2014; doi: 10.1101/gr.165415.113.

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A punto de cumplir una década, los organizadores de Harvard Personal Genome Project consideran que la divulgación no anónima de datos clínicos, de historia familiar y del genoma favorece la investigación y la educación de la población. Así puede leerse en Ball MP, Bobe JR, Chou MF, Clegg T, Estep PW, Lunshof JE, et al. Harvard Personal Genome Project: lessons from participatory public research. Genome Medicine 2014;6:10.

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Las secuencias completas de otros 20 microorganismos causantes de enfermedades de transmisión digestiva han sido divulgadas por el Proyecto Cien Mil Genomas. El objetivo final es estudiar esa cantidad de virus y bacterias para acelerar el diagnóstico y tratamiento de las enfermedades de transmisión digestiva. Los nuevos genomas están disponibles en el sitio de BioProject.

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La utilización de la secuenciación del genoma completo para investigar un caso con tuberculosis resistente a drogas, revela la potencialidad de las tecnologías genómicas en la distinción entre recaída y reinfección, así como para identificar casos secundarios. Lea Köser CU, Bryant JM, Becq J. Török ME, Ellington MJ, Marti-Renom MA, et al. Whole-Genome Sequencing for Rapid Susceptibility Testing of M. tuberculosis. N Engl J Med 2013;369:290-292.

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Una muestra de ADN obtenida de tejido pulmonar del cadáver naturalmente conservado de una mujer fallecida en 1797, permitió encontrar secuencias específicas de M. tuberculosis. Lea al respecto en Chan JZM, Sergeant MJ, Lee OYC, Minnikin DEE, Besra GS, Pap I, et al. Metagenomic Analysis of Tuberculosis in a Mummy. N Engl J Med 2013;369:289-290.

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Dos cepas de virus de influenza aviar H7N9, que ha provocado docenas de muertes humanas en China, han sido secuenciadas de manera independiente por dos equipos de investigadores. Puede leer los reportes completos en Watanabe T, Kiso M, Fukuyama S, Nakajima N, Imai M, Yamada S, et al. Characterization of H7N9 influenza A viruses isolated from humans. Nature 10 July 2013; doi:10.1038/nature12392, y Belser JA, Gustin KM, Pearce MB, Maines TR, Zeng H, Pappas C, ET AL. Pathogenesis and transmission of avian influenza A (H7N9) virus in ferrets and mice. Nature 10
July 2013; doi:10.1038/nature12391.

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El organismo de mayor antigüedad hasta ahora secuenciado, un caballo encontrado en los hielos permanentes del Yukón canadiense y datado entre 560 000 y 780 000 años, ha revelado que los equinos tuvieron un ancestro común hace unos cuatro millones de años. La descripción completa es publicada en Orlando L, Ginolhac A, Zhang G, Froese D, Albrechtsen A, Stiller M, et al. Recalibrating Equus evolution using the genome sequence of an early Middle Pleistocene horse. Nature 04 July 2013;499:74–78.

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El genoma del celacanto, un pez que se creía extinto 70 millones de años atrás y fue “redescubierto” en 1938, ha sido secuenciado y sus principales resultados son comentados en Amemiya CT, Alföldi J, Lee AP, Fan S, Philippe H, MacCallum I et al. The African coelacanth genome provides insights into tetrapod evolution. Nature 2013;496:311–316.

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El Instituto Nacional de Alergia y Enfermedades Infecciosas (NIAID por su siglas en inglés) de los Estados Unidos ha abierto una convocatoria para financiar la creación de centros de genómica para las enfermedades infecciosas. La iniciativa aportará hasta US$ 14 millones para la apertura de dos o tres instituciones que combinen la secuenciación, la identificación de polimorfismos, la expresión génica, el análisis bioinformático, entre otros. La convocatoria puede ser aquí.

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La construcción de árboles filogenéticos de hantavirus, causantes de importantes zoonosis en el humano, ha conducido a la hipótesis de que estos patógenos podrían haber emergido en los murciélagos antes de establecerse en los roedores. Tal descubrimiento, y el hallazgo de cuatro nuevas cepas de estos virus, aparecen en Guo W-P et al. Phylogeny and Origins of Hantaviruses Harbored by Bats, Insectivores, and Rodents. PLoS Pathog 2013;9(2):e1003159.