Otros Proyectos Genoma

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En los últimos meses se han publicado los resultados de la secuenciación o de análisis más profundos del genoma de organismos diversos. El genoma del tomate, publicado en Nature 2012;485:635–641, difiere en apenas un 8% del de la papa y se estima tiene unos 35000 genes. La mariposa cartero, una especie suramericana, ha revelado claves acerca de las señales genéticas que regulan la formación de patrones y mimetismos como mecanismo de supervivencia; su secuencia genómica también fue divulgada en Nature 2012;05(16). El más completo análisis del genoma del maíz aparece en Nature Genetics 2012;6(3).

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El re-secuenciamiento de diez líneas cultivadas del protozoario Entamoeba histolytica ha mostrado un bajo nivel de diversidad en su genoma, a pesar de grandes diferencias en el contenido de las familias de genes y del número de copias. El patrón de polimorfismos ha sugerido la posibilidad de reproducción sexual en este parásito, lo que nunca se ha comprobado. Lea el artículo completo en Genome Biology 2012, 13:R38.

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Las cepas B y K-12 de E. coli han sido comparadas exhaustivamente por medio del análisis de sus genomas, transcriptomas, proteomas y fenomas. Los resultados han sugerido que E. coli B está bien capacitada para la producción de proteínas recombinantes, por la carencia de flagelos y menos proteasas. E. coli K-12, en cambio, tiene una mayor expresión de proteínas de choque térmico y es menos susceptible a ciertas condiciones de estrés. Puede acceder al trabajo en Genome Biology 2012, 13:R37.

La generación de una red metabólica a escala genómica de Neisseria meningitidis es una herramienta útil para identificar los genes esenciales en su metabolismo durante la infección y en los estudios in vitro. Un reporte al respecto aparece en Genome Biology.
Por medio de secuenciamiento de dianas de interferencia de ARN, investigadores ingleses identificaron en Trypanosoma brucei unos 50 genes relacionados con la acción de los medicamentos antiparasitarios empleados en el tratamiento de la enfermedad del sueño. Los resultados son publicados en Nature.
Las vacunas contra Streptococcus pneumoniae podrían no ser útiles a largo plazo debido a que la bacteria, a través de recombinación, reemplaza la región del genoma encargada de la síntesis de la cubierta de polisacáridos por otra de un serotipo diferente. El hallazgo ha sido divulgado en Nature Genetics.

Los genomas de tres especies de cocodrilos (americano, de agua salada e indio) serán secuenciados por el Grupo de Trabajo Internacional sobre Genomas de Cocodrilos. El estado de esos proyectos son comentados en Genome Biology. Asimismo, curiosamente 160 años después de su descubrimiento, se ha publicado la secuencia completa y el transcriptoma de Schistosoma haematobium, un parásito que ha sido asociado al cáncer de vejiga. Lea un comentario en Nature Genetics.

El secuenciamiento del genoma completo de dos cepas de Streptococcus pneumoniae resistentes a la penicilina mostró seis genes mutados, tres de ellos relacionados con proteínas de unión al antibiótico. Sin embargo, la mutación en otra molécula, la permeasa de hierro spr1178, redujo la acumulación de especies reactivas de oxígeno tras la exposición a varias sustancias bactericidas. El estudio genómico aportó la descripción de nuevos determinantes de resistencia en este frecuente patógeno, según aparece en Genome Biology.

El transcriptoma completo de la cianobacteria Anabaena ha permitido identificar los ARN cuya transcripción se modifica en respuesta a la carencia de nitrógeno. Esta bacteria cumple un papel esencial en la fijación del nitrógeno procedente de la atmósfera y se consideran útiles porque son biofactorías y productoras de biocombustibles en potencia. El hallazgo es publicado en PNAS.

El secuenciamiento de los genomas de 112 aislamientos de la bacteria Burkholderia dolosa en 14 pacientes con fibrosis quística permitió identificar los patrones recurrentes de mutaciones y localizar los genes con relevancia para la patogenia. 17 genes bacterianos adquirieron mutaciones no sinónimas en múltiples individuos, lo que indica una evolución adaptativa paralela. Algunos de los genes se relacionan con la resistencia a antibióticos, composición de la membrana y regulación dependiente del oxígeno. Lea sobre estos hallazgos en Nature Genetics.

En un taller realizado en Bruselas varias agencias de seguridad alimentaria y sanitarias concordaron en que el secuenciamiento de próxima generación (en inglés next-generation sequencing) será la tecnología de elección para monitorear los brotes de patógenos a escala global. Se espera que en una década los laboratorios de microbiología clínica dispongan de un secuenciador de ADN para el uso diario y los costos de un genoma bacteriano completo se hayan reducido a menos de $138. El mayor reto será la creación y mantenimiento de las bases de datos donde almacenar la información obtenida.

El mayor y más detallado mapa de interacciones entre proteínas en un organismo multicelular condujo a identificar que son unas 5000 las proteínas que cooperan para mantener la vida. El estudio, realizado en la mosca drosófila, puede ser clave para comprender el comportamiento de las moléculas que causan enfermedades en el humano, así como la evolución de las redes de proteínas. El estudio aparace en Cell.