La región promotora del gen ERR-gamma (del inglés estrogen-related receptor gamma) contiene entre cinco y 21 copias de la secuencia AAAG. Un reciente estudio ha revelado que las pacientes que tienen más de 13 copias tienen un riesgo tres veces mayor de desarrollar cáncer de mama. El estudio, que muestra el papel cada vez mejor conocido de la mayoritaria porción del genoma que no codifica para proteínas, también encontró que las variaciones del número de esta secuencia no afectan la traducción pero puede influir en la cantidad de proteína producida. Lea el artículo completo en Breast Cancer Research and Treatment.
Los resultados del análisis proteómico de las 1461 moléculas presentes en la unión sináptica neuronal han sido puestos al servicio público en una base de datos llamada Genes to Cognition database (G2Cdb). Los investigadores sugieren que los datos pueden conducir a la mejor comprensión de las funciones cerebrales y derivarán elementos útiles en el diagnóstico y tratamiento de más de cien enfermedades neurológicas. El análisis filogenético mostró que estas proteínas han sido muy conservadas en la evolución y son mucho más similares de lo esperado entre roedores y el humano. Puede leer el artículo completo en Nature Neuroscience.
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Un nuevo método de síntesis química para el ensamblaje de secuencias de ADN ha sido desarrollado por el grupo de Craig Venter, uno de los protagonistas del Proyecto Genoma Humano. Se trata de un método isotérmico de un solo paso a partir de oligonucleótidos que se solapan, con ciclos de recombinación in vitro y amplificación hasta que se alcanza la longitud deseada. En el reporte original se comenta la síntesis del genoma mitocondrial completo del ratón, de 16.3 kilobases, a partir de 600 oligómeros de 60 nucleótidos cada uno. Puede leer el artículo completo en Nature Methods.
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Está en marcha un meta-análisis para integrar los datos de todos los estudios publicados de asociación genómica sobre infarto cardiaco y otras formas de enfermedad arterial coronaria en individuos de ascendencia europea. La iniciativa es denominada CaRDIoGRAM (del inglés Coronary Artery Disease Genome-Wide Replication and Meta-Analysis) y tiene como objetivo identificar nuevos mecanismos patogénicos para mejorar la prevención del riesgo. Un promedio de 2.2 millones de polimorfismos (SNPs) por estudio se derivarán de datos de fenotipo y genotipo, estos últimos obtenidos de los microarreglos de Affymetrix o Illumina. Como adelanto, los investigadores presentan un SNP localizado en el cromosoma 9, identificado como rs1333049, que incrementa el riesgo de ataque cardiaco en un 29% y su efecto es más notable en adultos jóvenes. Acceda al resumen del artículo en la revista Circulation: Cardiovascular Genetics.
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La empresa Novartis y Synthetic Genomics Vaccines Inc. han anunciado un proyecto para desarrollar cepas sintéticas del virus de la influenza con el objetivo de producir vacunas para la gripe estacional y la pandémica. El proceso comprende el diseño de los genomas en la computadora, su síntesis química en el laboratorio y la inserción en células para obtener las proteínas deseadas. De ese modo se reduce en al menos dos meses el tiempo de obtención de vacunas para este virus, lo cual es de gran utilidad en caso de brotes pandémicos.
Investigadores del Centro de Bioinformática y Biología Computacional de la Universidad de Maryland han desarrollado un método que evalúa el genoma individual en busca de mutaciones en los genes BRCA, conocidos por su influencia en la susceptibilidad al cáncer de mama y otros tumores malignos en el humano. El artículo es publicado por Genome Biology.
La Universidad de Emory creará un Centro de Vaccinología Sistémica, en el cual integrará tecnologías de alto flujo, informáticas y de modelación computacional con el objetivo de determinar los cambios dinámicos en la expresión de ARNm, microARN y proteínas durante la respuesta inmune a una vacuna. Se creará una base de datos de acceso abierto para los marcadores moleculares inducidos por las vacunas. El conocimiento más profundo de los mecanismos reguladores que intervienen en la inmunidad permitiría un diseño más racional de las vacunas, y ya se trabaja en la identificación de los marcadores de inmunogenicidad de las vacunas contra la influenza, pneumocócica y el zóster en poblaciones de adultos mayores.
Un software para integrar los resultados de los experimentos ChIP-seq y ChIP-chip, empleados para determinar el funcionamiento de los factores de transcripción que regulan los genes humanos, permitirá una mejor comprensión de las diferencias entre las células normales y las enfermas, y aplicarla al diseño de fármacos. El nuevo programa, denominado ChIP Enrichment Analysis (ChEA), integra en una base de datos los relativos a más de 100 proteínas con capacidad de unión al ADN para regular la expresión génica. Una vez reveladas las proteínas probablemente responsables de los cambios genéticos que subyacen a las enfermedades, los investigadores dispondrán de nuevas dianas para el desarrollo de medicamentos. El resumen está disponible en Bioinformatics.
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Los estudios de asociación y el secuenciamiento genómicos tienen el potencial de revelar la susceptibilidad a las enfermedades, pero la implementación de las pruebas derivadas de estas metodologías debe tomarse con cautela. Antes de emplear la información genómica en los pesquisajes poblacionales, debe asegurarse de que verdaderamente predice el riesgo de enfermar mejor que la información fenotípica. También deben conducir a intervenciones comunitarias eficientes que motiven el cambio a los comportamientos deseados. Hasta el momento no hay ningún ejemplo de pesquisa genética que cumpla tales criterios, en opinión de los autores del artículo Being More Realistic about the Public Health Impact of Genomic Medicine, publicado en PLoS Med.
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La enfermedad de Lyme, que afecta el sistema nervioso, el corazón, la piel y las articulaciones, es causada por la bacteria Borrelia burgdorferi y su diagnóstico se ha incrementado notablemente en Estados Unidos y Europa en los últimos diez años. La secuencia genética completa de trece cepas de la bacteria ha sido determinada, lo que permitiría incrementar los conocimientos sobre la infección y su agente etiológico, para el cual no hay aún una vacuna disponible. El reporte aparece en The Journal of Bacteriology.
El genoma del tercer mosquito en la triada de los principales transmisores de enfermedades ya ha sido secuenciado. Los genomas del Aedes aegypti y el Anopheles gambiae ya eran conocidos, y ahora se publica el del Culex quinquefasciatus, vector del virus del Nilo Occidental y del virus de la encefalitis de Saint Louis, así como de los nemátodos que causan filariasis linfática. Ahora se está en mejores condiciones para entender a fondo la biología de los mosquitos y así poder reducir su actividad como vectores de tantas enfermedades. Se estima el repertorio del Culex quinquefasciatus en 18.883 genes codificadores de proteínas, un 22% mayor que el del Aedes aegypti y un 52% más grande que el del Anopheles gambiae. Varias familias de genes están ampliadas, incluyendo aquellas de receptores olfativos y gustativos así como los genes asociados al funcionamiento de las glándulas salivares y el sistema inmune. Lea el artículo en Science.
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Un reciente artículo de investigadores del Laboratorio de Investigaciones del SIDA (LISIDA) aborda la caracterización de 11 cepas de VIH circulantes en Cuba, a partir del uso del correceptor y los cambios de aminoácidos en el lazo V3. El empleo de tres métodos bioinformáticos: la regla 11/25, las matrices de puntos en posiciones específicas (PSSM) y el programa geno2pheno apoyó la clasificación viral y la evaluación de su relación con el fenotipo y la evolución clínica de los pacientes infectados por el VIH. Puede leer el artículo completo en la Revista Cubana de Investigaciones Biomédicas.
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El genotipo de 1184 individuos de 11 poblaciones humanas diferentes reveló diversas variantes en alelos comunes y raros, tanto polimorfismos nucleotídicos como del número de copias; el 77% de los primeros son completamente nuevos para la ciencia. El reporte completo está disponible en Nature y los datos del proyecto se encuentran en HapMap.
La comparación del genoma de veinte individuos permitió identificar 165 mutaciones que conducen a proteínas truncadas en diversas vías. El número de variantes por genoma se estabiliza en alrededor de 144000, en tanto resultó fácil la identificación de la causa de la hemofilia A en la mitad de los casos. El trabajo aparece en PLoS Genetics.
Un nuevo algoritmo ha sido desarrollado para evaluar las variantes en el número de copias de genes en muestras tumorales. El nuevo programa, denominado ASCAT (del inglés Allele-Specific Copy number Analysis of Tumors), fue validado en cien muestras de cáncer de mama, en las que identificó adecuadamente la ploidía, los perfiles de variantes del número de copias y pudo separar las células normales de las aberrantes dentro del tumor. Lea el trabajo completo en The Proceedings of the National Academy of Sciences.
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En las últimas semanas se han publicado los resultados de los proyectos para secuenciar los genomas de la manzana, la hormiga, el cacao y el pavo. En el caso de la manzana, que aparece en Nature Genetics, se espera obtener información sobre los genes que protejan frente a enfermedades o la sequía. Los genomas de dos especies de hormigas resultaron ser apenas el 10% del genoma humano, con el que comparten un 33% de similitud y tienen unos cinco mil genes menos; la extrema longevidad de las hormigas reinas parece relacionarse con una sobre-expresión de proteínas como la telomerasa, según un artículo en Science. Una versión de trabajo del genoma del cacao ha sido terminada, a partir de una iniciativa que combinó varias metodologías y que comenzó en la primavera del año 2009; la cifra estimada de genes es de 35000, mayor que en el humano, y estará disponible en la Cacao Genome Database; una versión resumida del trabajo puede leerse en Nature Precedings. Las tecnologías de Roche e Illumina permitieron la lectura del genoma del pavo, para el que se predicen poco más de 15000 genes, entre los que se espera encontrar a los relacionados con un mayor rendimiento de carne de esta importante ave, de acuerdo con lo reportado en PLoS Biology.
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