La predicción computacional de epítopes de la proteína TSOL18, de Taenia solium, condujo a la construcción de un péptido sintético con epítopes lineales B y T localizados en la superficie de la molécula. Aunque la protección inducida por el candidato vacunal administrado por vía oral no fue completa, generó anticuerpos IgG en cerdos y redujo el número de quistes en cerdos. El ensayo es publicado en Bioinformation.
La aplicación de las tecnologías ómicas ha dejado de ser potencial y son ya una realidad en el campo de las vacunas para la tuberculosis y el cáncer. La vaccinómica, que integra la inmunogenética, la inmunogenómica, la inmunoproteómica y la inmunología básica con la transcriptómica y otras tecnologías, permite además la individualización de las terapias, el desarrollo de nuevos marcadores diagnósticos y la definición de indicadores de respuesta. Lea una revisión sobre el tema en OMICS y otra en Enferm Infecc Microbiol Clin.
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Las bacterias que no pueden ser cultivadas serán secuenciadas a partir de un nuevo método que permite ensamblar virtualmente un genoma completo a partir de secuencias de ADN de una sola célula bacteriana. Los programas computacionales tradicionales permiten recuperar el 70 % de los genes de una muestra, mientras que el nuevo algoritmo captura el 90 % de los genes de una célula, una mejoría notable. Acceda al trabajo en Nature Biotechnology.
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Un brote de escarlatina en Hong Kong durante el presente año ha afectado a 466 niños y causado la muerte a dos de ellos. El genoma de la cepa causal de Streptococcus pyogenes ha sido secuenciado y caracterizado: el 95,2 % de su genoma se corresponde con cepas del mismo serotipo M12, mientras que el 4,8 % restante es específico y podría contener los factores relacionados con su virulencia y capacidad de diseminación. La secuencia completa puede ser revisada en el NCBI.
Los genomas de todas las cepas de levaduras relacionadas con las industrias del pan y la cerveza han sido secuenciados y comparados. Se empleó el secuenciamiento paralelo masivo de próxima generación, con segmentación y reensamblaje computacional, y se crearon nuevas cepas experimentales. El reporte aparece en Genes, Genomes and Genetics.
La editora BioMed Central ha lanzado la revista Microbial Informatics and Experimentation como una nueva publicación para artículos relacionados con la aplicación de métodos computacionales a los datos derivados de organismos y sistemas microbianos. Brindará espacio al estudio de los metagenomas, material genético aislado directamente del ambiente que permite el análisis funcional y taxonómico de comunidades microbianas en los ecosistemas. Lea el comentario editorial en BMC.
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EhecRegNet es una base de datos y plataforma de análisis que incorpora todas las interacciones conocidas entre los genes de la E. coli entérica normal y los datos de la variante enterohemorrágica. Por medio de simulaciones integradas se podrían identificar más rápidamente los cambios genéticos patogénicos para emplearlos en el desarrollo de nuevos medicamentos para la bacteria causante de un importante brote en Europa. También se han publicado los primeros resultados de los genomas de dos de las cepas aisladas en el brote en Alemania: LB226692 y TY-2482.
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Por medio de un microarreglo de amplitud genómica de alta densidad que examina más de 17 000 mutaciones, se analizó el ADN de 57 plasmodios de tres continentes y la respuesta de los parásitos a 13 medicamentos antipalúdicos. Los investigadores identificaron 20 loci de rápida evolución en el genoma del patógeno y 11 variantes de genes implicadas en resistencia a los fármacos, diez de ellos completamente nuevos. Tales descubrimientos son útiles en la selección de los mejores tratamientos, la vigilancia de la resistencia y el diseño de nuevas drogas, y son publicados en PLoS Genetics.
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FungalRV es un portal desarrollado para la predicción de adhesinas de hongos y su aplicación en el desarrollo de vacunas contra ese grupo de patógenos. Incluye los sets de datos de secuencias proteicas de adhesinas de Candida albicans, Candida glabrata, Aspergillus fumigatus, Coccidioides immitis, Coccidioides posadasii, Histoplasma capsulatum, Blastomyces dermatitidis, Pneumocystis carinii, Pneumocystis jirovecii y Paracoccidioides brasiliensis. Se predijeron un total of 307 adhesinas micóticas a partir de los proteomas completos de ocho especies patogénicas y las secuencias fueron procesadas por 18 algoritmos inmunoinformáticos. La descripción de este recurso aparece en BMC Genomics.
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El congreso X-Gen, efectuado en marzo en la ciudad de San Diego, constituyó un importante foro de debate acerca de las aplicaciones reales y futuras de las tecnologías de secuenciamiento en la práctica clínica. El diagnóstico oncológico y las decisiones acerca de los esquemas de tratamiento en el cáncer recibieron el consenso como la utilidad más inmediata, lo que podría extenderse a la resistencia antirretroviral en la infección por el VIH y otras infecciones. Para la predicción de riesgo y el diagnóstico de las enfermedades complejas, sin embargo, las expectativas son más discretas.
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