Un reciente artículo revisa los enfoques computacionales para la predicción de epítopes que puedan ser útiles en la inmunoterapia del cáncer. Las herramientas disponibles asisten en el diseño de minigenes sintéticos y permiten la modificación de la secuencia para potenciar la inmunogenicidad de los candidatos vacunales. El trabajo ejemplifica tales posibilidades en las vacunas para el linfoma de células B y está disponible en Biotechnol Adv.
La predicción computacional de epítopes de la proteína TSOL18, de Taenia solium, condujo a la construcción de un péptido sintético con epítopes lineales B y T localizados en la superficie de la molécula. Aunque la protección inducida por el candidato vacunal administrado por vía oral no fue completa, generó anticuerpos IgG en cerdos y redujo el número de quistes en cerdos. El ensayo es publicado en Bioinformation.
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La aplicación de las tecnologías ómicas ha dejado de ser potencial y son ya una realidad en el campo de las vacunas para la tuberculosis y el cáncer. La vaccinómica, que integra la inmunogenética, la inmunogenómica, la inmunoproteómica y la inmunología básica con la transcriptómica y otras tecnologías, permite además la individualización de las terapias, el desarrollo de nuevos marcadores diagnósticos y la definición de indicadores de respuesta. Lea una revisión sobre el tema en OMICS y otra en Enferm Infecc Microbiol Clin.
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A partir de una muestra de cabello de un aborigen australiano, donada a inicios del siglo XX, se obtuvieron secuencias genómicas sin presencia de genes europeos. El estudio constató que los habitantes originarios de Australia descienden de una dispersión humana temprana en el este asiático hace unos 62000 o 75000 años, lo que hace a esta población una de las más antiguas comunidades fuera de África. El trabajo aparece en Science.
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Las bacterias que no pueden ser cultivadas serán secuenciadas a partir de un nuevo método que permite ensamblar virtualmente un genoma completo a partir de secuencias de ADN de una sola célula bacteriana. Los programas computacionales tradicionales permiten recuperar el 70 % de los genes de una muestra, mientras que el nuevo algoritmo captura el 90 % de los genes de una célula, una mejoría notable. Acceda al trabajo en Nature Biotechnology.
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A partir del genoma de individuos de Asia, Europa y África, investigadores de la Universidad de Cornell han descubierto que los San, una tribu de cazadores del sur de África, divergieron de otras poblaciones humanas hace 130 000 años, mucho antes de lo estimado, mientras que los ancestros de los actuales euroasiáticos migraron de África hace solo 50 000 años. El estudio está disponible en Nature Genetics.
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Los genomas de 17 líneas diferentes de ratones han sido secuenciados y publicados en dos artículos, lo que incluye 13 de las más empleadas en experimentos de laboratorio y cuatro cepas salvajes. Estos resultados promoverán estudios sobre la variabilidad genética, la susceptibilidad a enfermedades y la evolución de las especies, entre muchas otras aplicaciones. Lea los reportes de Keane et al. y Yalcin et al. Las secuencias pueden ser revisadas en el Instituto Sanger.
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La publicación Journal of Clinical Bioinformatics ha circulado una serie de artículos sobre aplicaciones bioinformáticas en la identificación de biomarcadores y la comprensión de los mecanismos patogénicos en la enfermedad pulmonar obstructiva crónica y el cáncer de pulmón, particularmente en la variante de células no pequeñas. Acceda a la serie Pulmonary Bioinformatics: Mechanism, Biomarkers and Therapies.
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Una “firma genética” compuesta por la expresión de 200 genes permitiría discriminar cuáles sustancias químicas pueden causar alergias. Un elemento adicional en este reporte está en el hecho de que los ensayos de perfil genómico se realizaron en una línea celular de origen humano. Lea el artículo en BMC Genomics.
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Cuatro especies animales de la región de Mongolia interior, de gran valor doméstico y comercial, han sido secuenciados con la colaboración del Instituto de Genómica de Beijing (BGI, por sus siglas en inglés). El carnero mongol, el camello bactriano, el caballo mongol y la res mongola tienen genomas de 3 Gb, 2.4 Gb, 2.8 Gb y 2.8 Gb, respectivamente. Estos resultados son parte del Proyecto de los 1000 Genomas de Animales y Plantas de Referencia, iniciativa internacional del BGI.
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