La simulación computacional del plegamiento de las proteínas normales y mutadas en el síndrome de Gerstmann-Sträussler-Scheinker, una rara pero mortal enfermedad neurodegenerativa, ha revelado la tendencia de las moléculas alteradas para la formación de placas en el cerebro. El procedimiento podría extenderse a otras condiciones como Alzheimer, Huntington y Parkinson. Puede leer el resumen en Biophysical Journal.
Un estudio bioinformático que relacionó enfermedades con genes causales, proteínas interactuantes y vías metabólicas compartidas, produjo un mapa de 1772 enfermedades huérfanas causadas por 2124 genes mutados. Uno de los resultados fue que los genes responsables codifican para proteínas centrales en múltiples interacciones vitales para el funcionamiento celular. El resumen está disponible en The American Journal of Human Genetics.
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El sitio web Bioinformática para la Salud, que persigue la extensión de las aplicaciones bioinformáticas en el sistema nacional de salud, llega a su primer año de vida. Disponible desde el 23 de junio de 2010, en vísperas del décimo aniversario del anuncio de la obtención de la copia de trabajo del genoma humano, el sitio ha publicado 60 notas relacionadas con las aplicaciones médicas de esta disciplina, al tiempo que brinda acceso a bases de datos y otras herramientas y recursos bioinformáticos.
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El congreso X-Gen, efectuado en marzo en la ciudad de San Diego, constituyó un importante foro de debate acerca de las aplicaciones reales y futuras de las tecnologías de secuenciamiento en la práctica clínica. El diagnóstico oncológico y las decisiones acerca de los esquemas de tratamiento en el cáncer recibieron el consenso como la utilidad más inmediata, lo que podría extenderse a la resistencia antirretroviral en la infección por el VIH y otras infecciones. Para la predicción de riesgo y el diagnóstico de las enfermedades complejas, sin embargo, las expectativas son más discretas.
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Investigadores españoles han publicado el primer estudio que demuestra la capacidad de los programas computacionales comúnmente utilizados para estudiar el acoplamiento entre proteínas para predecir la estructura de complejos macromoleculares. Los autores utilizan programas que normalmente se emplean para predecir la estructura de complejos de proteínas que ya se sabe que interactúan, para detectar en grandes colecciones de estructuras de proteínas los posibles componentes de complejos macromoleculares. Tales resultados abren nuevas posibilidades para el modelado de los complejos de proteínas como paso previo a la interpretación de las mutaciones relacionadas con el cáncer. Puede leer el trabajo en Molecular Systems Biology.
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Una revista en línea, con revisión por pares y de acceso abierto, publicará artículos originales en todos los aspectos del desarrollo de enfoques bioinformáticos, incluyendo herramientas, metodologías e integración de datos, para la medicina clínica y traduccional. The Journal of Clinical Bioinformatics pretende dilucidar cómo la información biológica y médica puede ser aplicada al desarrollo de la medicina y el tratamiento personalizados, a partir de la traducción de la bioinformática y los métodos computacionales en la práctica clínica, así como en el avance de nuestra comprensión de los mecanismos celulares y moleculares de las enfermedades. Lea el editorial de lanzamiento.
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Con el objetivo de comprender las bases genéticas del rechazo a los transplantes de órganos, el Instituto Nacional de Alergia y Enfermedades Infecciosas (NIAID, por sus siglas en inglés) destinará un presupuesto de US$ 4 millones en el 2011 para financiar proyectos dirigidos a identificar y caracterizar las variantes genéticas y los patrones de expresión que puedan relacionarse y predecir los resultados del transplante, definir las respuestas inmunes implicadas en el rechazo, determinar la utilidad de los tratamientos y explicar la base genética de la variabilidad en la supervivencia en diferentes poblaciones. Se espera la formación de equipos multidisciplinarios que combinen experiencias en transplantología, genética, inmunología, biología molecular, farmacogenómica, bioinformática y bioestadística. Puede leer la nota publicada al respecto en GenomeWeb.
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Por medio de métodos bioinformáticos y el análisis de microarreglos de todo el genoma en ratones, ha sido posible localizar en el cromosoma 15, en una zona previamente identificada por mapeo con más de 155 genes, al gen Cacgn2 como el candidato más probable para explicar las diferencias en la susceptibilidad al dolor crónico por traumas o cirugía. Las variantes de Cacgn2 correlacionaron también de manera significativa con el dolor crónico en mujeres que habían sufrido la remoción total o parcial de un seno. El resultado no solo revela la predisposición genética a las diferencias en la percepción del dolor, sino también abre una nueva vía para el desarrollo de fármacos para tratar el dolor crónico. El artículo aparece publicado en Genome Research y puede leer el resumen en PubMed.
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El genoma de la esponja Amphimedon queenslandica, especie de la Gran Barrera australiana y considerado el animal más simple, ha sido secuenciado. Teniendo en cuenta que la multicelularidad requiere del funcionamiento coordinado para evitar la proliferación descontrolada de alguna célula, este resultado podría revelar algunas claves de utilidad para el mejor conocimiento del cáncer humano. De hecho, el análisis bioinformático ha mostrado que en la esponja está presente el 90% de más de cien genes implicados en los tumores humanos malignos. Los investigadores también encontraron grupos de funciones génicas relacionadas con la complejidad morfológica, la división celular, la apoptosis, la adhesión celular, vías de señalización, reconocimiento de lo propio, etc. Al mismo tiempo reportan la ausencia de moléculas de control del ciclo celular, como la kinasa 4/6 dependiente de ciclina (CDK 4/6). El artículo aparece en Nature, mientras que el genoma de la esponja está disponible en el NCBI.
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Una serie temática de BioMedCentral celebra el décimo aniversario del proyecto Ensembl, una iniciativa conjunta del Instituto Europeo de Bioinformática y el Instituto Sanger que está dirigido a la anotación integrada de alta calidad de los genomas de vertebrados y otros organismos. Ensembl no solo brinda acceso a muy diversa información de más de 50 especies, incluido el humano, sino que incluye herramientas para comparar, visualizar y extraer detalles de los genomas secuenciados. La serie temática incluye artículos sobre las opciones disponibles, el análisis de los datos de variaciones en el genoma, la anotación de las matrices de expresión de genes y otras posibilidades. Acceda a los artículos en BioMedCentral.
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