Genómica

Análisis económico del diagnóstico genómico

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La secuenciación de genoma completo es el examen de elección para el diagnóstico de enfermedades de herencia mendeliana, pero sus costos superan los de la secuenciación del exoma. La elección de uno u otro depende del escenario clínico y la disponibilidad de recursos. Así se comenta en Ewans LJ, Minoche AE, Schofield D, Shrestha R, Puttick C, Zhu Y, et al. Whole exome and genome sequencing in mendelian disorders: a diagnostic and health economic analysis. European Journal of Human Genetics, 2022; https://doi.org/10.1038/s41431-022-01162-2

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Genómica en el cáncer: pulmón, neoplasias linfoides

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– Genomic Profiling of Bronchoalveolar Lavage Fluid in Lung Cancer. Cancer Res, 2022;82(16):2838–2847.
– Changes in Circulating Tumor DNA Reflect Clinical Benefit Across Multiple Studies of Patients With Non–Small-Cell Lung Cancer Treated With Immune Checkpoint Inhibitors. JCO Precision Oncology, 2022;6:e2100372.
– Genomic Profiling for Clinical Decision Making in Lymphoid Neoplasms. Blood. 2022 Aug 24; doi: 10.1182/blood.2022015854.

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Proponen pangenoma humano de referencia

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Construido a partir de una cohorte de individuos genéticamente diversos, según los autores del estudio, el borrador de un pangenoma de referencia cubre el 99 % de la secuencia esperada, con más del 99 % de precisión a nivel estructural. El preprint está disponible en Liao WW, Asri M, Ebler J, Doerr D, Haukness M, Hickey G, et al. A Draft Human Pangenome Reference. bioXriv, 2022; doi: https://doi.org/10.1101/2022.07.09.499321.

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Se reducen costos de la secuenciación del genoma

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La posibilidad de disminuir hasta los US$100 el costo de secuenciar el genoma humano, como resultado de los avances tecnológicos y la competencia en el mercado, puede llevar a un punto de inflexión en el uso clínico de esa herramienta. Así es analizado en Pennisi E. A $100 genome? New DNA sequencers could be a ‘game changer’ for biology, medicine. Science, 2022; doi 10.1126/science.add5060.

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Secuenciación en las enfermedades oculares

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La introducción de la secuenciación de alto flujo en Oftalmología ha permitido avances en la identificación de microorganismos que viven en las superficies oculares, así como de marcadores moleculares útiles en la fisiopatología y el diagnóstico de varias afecciones. Lea al respecto en He X, Zhang N, Cao W, Xing Y, Yang N. Application Progress of High-Throughput Sequencing in Ocular Diseases. J. Clin. Med. 2022;11(12):3485.

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Ómicas y cáncer: metástasis, asociaciones tumorales, docencia

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– Genomic characterization of metastatic patterns from prospective clinical sequencing of 25,000 patients
– Clinical Utility of Genomic Testing in Cancer Care
– Biología de sistemas y computacional en cáncer: de lo básico a la próxima frontera
– Genetic and genomic learning needs of oncologists and oncology nurses in the era of precision medicine: a scoping review
– Associations of genetic susceptibility to 16 cancers with risk of breast cancer overall and by intrinsic subtypes
– Single whole genome sequencing analysis blazes the trail for precision medicine

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Plataforma ómica para seguimiento de cohorte

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El proyecto Tohoku Medical Megabank propone el seguimiento de una cohorte de más de 150000 participantes, que incluye datos clínicos, ambientales, genéticos, un biobanco y una base de datos para el análisis multiómico. Los detalles, en Ogishima S, Nagaie S, Mizuno S, Ishiwata R, Iida K, Shimokawa I, et al. dbTMM: an integrated database of large-scale cohort, genome and clinical data for the Tohoku Medical Megabank Project. Human Genome Variation, 2021;8:44.

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Noticia: solo 7 % de nuestro genoma es sapiens

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Un nuevo algoritmo inferencial ha revelado que solo entre 1.5 y 7 % del genoma humano moderno es exclusivamente humano, y que en los últimos 600000 años han ocurrido cambios adaptativos en genes relacionados con el desarrollo y las funciones del cerebro. Los detalles en Schaefer NK, Shapiro B, Green RE. An ancestral recombination graph of human, Neanderthal, and Denisovan genomes. Science Advances. 2021;7(29):eabc0776.

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